中菲南中國海仲裁案結果公佈後，中國官員再次企圖否認仲裁的合法性。他們稱，仲裁庭與國際法院毫無關係，與常設仲裁法院也不是一個系統，仲裁庭被日本人所操縱，甚至指稱仲裁員“收了菲律賓的錢”等等。另外，中國官媒還形容常設仲裁庭只是海牙和平宮的一個“租客”。究竟對中菲南中國海案做出裁決的仲裁庭到底是什麼樣的一個組織，與常設仲裁法院到底有什麼關係？仲裁庭是如何運作的？
1．常設仲裁法院--世界最古老的仲裁機構
中國外交部副部長劉振民星期三（7月13日）在記者會上回答有關中菲南中國海仲裁案提問時特別強調說，受理仲裁的是常設仲裁法院，跟國際法院一點關係也沒有。
中菲仲裁案的裁決的確不是國際法院做出的，甚至也不是常設仲裁法院做出的，而是由根據《聯合國海洋法公約》，為因應菲律賓訴中國仲裁案所設的臨時仲裁庭做出的。常設仲裁法院為南中國海仲裁庭提供秘書服務，協助後勤工作，比如發布仲裁案信息和新聞稿等。
常設仲裁法院雖然與聯合國沒有聯系，但是並非沒有權威。雖然被稱為“法庭”或是“法院”，但是，它實際上是一個國際仲裁機構，也是最古老的仲裁機構，是根據1899年的《關於和平解決國際爭端的公約》而設立的，年代超過國際法院和海洋法法庭，也遠遠超過1945年正式成立的聯合國。
自清政府以來，中國一直活躍在常設仲裁法院，清政府也是該機構的創始會員國。中國共產黨政府於1993年恢復在該機構的活動，還派出了自己的仲裁員。目前，常設仲裁法院有四名中國籍仲裁員。
目前，常設仲裁法院共有121 個成員國，與國際法院一樣，總部也位於荷蘭海牙的和平宮。不過，最近因為聯合國的一份聲明，常設仲裁法庭被中國媒體稱為和平宮的“租客”。但是，常設仲裁法院是和平宮1913年啟用時最早的住戶。
常設仲裁法院為國家、國家實體、政府間組織、私人主體間的仲裁、調解、事實調查以及其他爭端解決程序提供服務。
常設仲裁法院也沒有常任法官，它只有一份由成員國提出的仲裁員名單。仲裁員並不隸屬常設仲裁法院，平時有自己的工作。如果成員國將其爭端訴諸仲裁，便可在名單中選定仲裁員，再由選定的仲裁員推選首席仲裁員組成臨時仲裁庭。臨時仲裁庭對案件進行審理和裁決，裁決結束後仲裁庭就解散。
目前常設仲裁庭受理了8個國家間仲裁案件，73 個國際投資仲裁案件，以及34 個涉及國家或其他公共主體的合同仲裁案件。為這些案件提供書記處服務。常設仲裁法院共管理過12 個主權國家在《聯合國海洋法公約》（以下簡稱《公約》）附件七下提出的仲裁案。
2013 年1 月，菲律賓將中國告上常設仲裁法院。7月，南中國海仲裁案的仲裁庭成立，並 2013 年 7 月 11 日在海牙和平宮召開第一次仲裁庭會議。仲裁庭選定常設仲裁法院作為該案的書記處。根據仲裁庭的《程序規則》規定，常設仲裁法院應當“為仲裁程序提供檔案管理，並根據仲裁庭指令提供適當的書記處服務”。
這些服務包括協助查找和指定專家；發布關於仲裁案的信息和發布新聞稿；組織在海牙和平宮進行庭審；管理案件財務，包括管理案件費用保證金，例如支付仲裁員、專家、技術支持人員和庭審記錄員的費用等。書記處也為當事方、仲裁庭和觀察員國之間提供官方交流渠道。
2．日籍庭長指派仲裁員事出有因
中菲南中國海仲裁案的仲裁庭是根據《公約》附件七特別設立的。由於仲裁庭大部分成員由時任國際海洋法法庭的日籍庭長柳井俊二指派，而中日關係緊張並存在島嶼爭端，仲裁庭的公正性受到中國的質疑。
一般情況下，仲裁庭的成員由仲裁當事方選擇。如果選五個仲裁員的話，雙方可以各指派一個與自己觀點接近的仲裁員，另外三名的選擇經過雙方協商。
在中國拒絕參與仲裁後，菲律賓根據附件七，要求國際海洋法庭幫助成立五人仲裁小組。 《公約》附件七第3條規定，如果仲裁庭不能經當事雙方協商一致組建，那麼仲裁庭的組建工作就應該由國際海洋法法庭庭長負責。
菲律賓指派德國籍法官沃爾夫拉姆（Rudiger Wolfrum）擔任仲裁員。當時的國際海洋法庭庭長、日本籍法官柳井俊二指派了其他四名仲裁員：法國籍法官科特（Jean-Pierre Cot）、荷蘭籍教授松斯（Alfred Soons）、首席仲裁員來自斯里蘭卡的法官品托（Chris Pinto）和波蘭籍法官波拉克（Pawlak）。其中波拉克成為中國方面的仲裁員。 後來，品托因為妻子是菲律賓籍因而退出避嫌。柳井俊二後來又指派加納籍法官門薩（Thomas Mensah）接任首席仲裁員。
因為柳井俊二與日本安倍政府的關係，他後來被中國指責操控南中國海案的仲裁庭。
美國霍夫斯特拉大學法學教授古舉倫（Julian G. Ku）在接受美國之音採訪時這樣解釋說：“柳井俊二之所以卷入南中國海案，也是因為他當時是國際海洋法庭的庭長”。 他指出這實際上也是中國自己的選擇。 “如果中國參與仲裁，就可以自己選擇仲裁員，柳井俊二也不會參與進來。”
他說，斯里蘭卡法官品托因菲律賓籍妻子而退出就已經證明仲裁庭是力求公正的。不過，也有中國學者指出柳井俊二自己也應該回避。
令有不少學者指出，因為不參與挑選仲裁員，中國事實上放棄了自己權益。
3.仲裁員為世界頂級海洋法專家
由於仲裁案的五位仲裁員都居住在歐洲，中國質疑五位仲裁員的代表性，稱他們不了解亞洲文化和南中國海問題。但是，對很多法學專家來說，這五位卻被認為是世界頂尖海洋法專家，是專業技術人士。
首席仲裁員、加納籍法官門薩：現年84歲，知名國際海事專家，1996年出任國際海洋法法庭首屆庭長。
德國籍法官沃爾夫拉姆：1996年起出任國際海洋法法庭的法官，現為德國國際法協會會長。
波蘭籍法官波拉克：曾任波蘭駐聯合國大使，1985年曾率波蘭代表團同蘇聯談判海域劃界事宜，2005年10月起成為國際海洋法法庭的成員。
法國籍法官科特：曾是歐洲議會的議員，2002年起擔任國際海洋法法庭的法官，2008年至2011年，出任海洋環境爭端分庭的庭長。他曾多次參與國際法院多起領土爭議及劃界案。
荷蘭籍教授松斯：烏得勒支大學國際法教授，擔任過荷蘭國際法協會的會長、荷蘭外交部公共國際法常設咨詢委員會主席。
美國霍夫斯特拉大學法學教授古舉倫認為， 仲裁庭選中歐洲海洋法專家，有兩個原因，第一學習國際法和海洋法的法官歐洲籍居多，第二，如果選擇任何一個亞洲國家的法官，估計中國也會認為不公平。
他舉例說，如果選擇印度、日本或是其他亞洲國家，都不會讓中國滿意。
4. 菲律賓按例支付法庭費用
中國官員在最近的記者會上甚至指責仲裁庭的法官“掙菲律賓的錢”。中國外交部副外長劉振民說：“國際法院的法官、海洋法法庭的法官，他們的酬金、薪水是由聯合國支付的，目的是保證他們的獨立性、公正性，這五名法官是掙錢的，掙的是菲律賓的錢，可能還有別人給他們的錢，不清楚，他們是有償服務的。”
仲裁庭的費用確實是菲律賓支付的。根據《公約》，仲裁庭的法律費用本來應該由提請仲裁的雙方來支付的，但是在南中國海案，因為中國的不參與，所有費用都由菲律賓方面支付。
對於法官們是否會因為菲律賓支付了費用而做出有利菲律賓的判決的問題，古舉倫說：“費用是提前支付的，一旦案件啟動，不會退還。也就是說，菲律賓在支付費用的當時，另一個可能是，他們也可能會輸了案件。”
5. 判決的確具有約束力
著名國際法專家、紐約大學法學院教授孔傑榮（Jerome A. Cohen，科恩）7月11日曾撰文指出，不管中國喜歡與否，作為《聯合國海洋法公約》的締約國，該公約的仲裁庭做出的裁判，對中國具有法律約束力。
根據《公約》第十五部分“爭端的解決”的第二節“有約束力裁判的強制程序”作出的規定，孔傑榮表示，“《公約》要求強制解決爭端、要求各方遵守裁決，中國既然批准了《公約》，就意味著中國明確同意接受仲裁庭的裁決。
中國政府於2006年已經根據《公約》第298條的規定提交了聲明，將涉及海洋劃界等爭端排除在包括仲裁在內的強制爭端解決程序之外。但是，仲裁庭認為，他們並不決定中國的領土主權和海洋劃界，而是對《公約》的解釋和運用。因此，仍然對此案是有裁決權的。
6. “大國”最後間接執行裁決
雖然裁決對當事國有約束力，但是仲裁庭的確並沒有執行力，所以仲裁庭所作的裁決大多都沒有得到立即執行。
美國肯尼迪政府學院貝爾弗科學與國際事務研究中心主任格拉漢姆阿里森教授（Graham Allison）在裁決公佈的前一天撰文指出，中國不遵守國際法律裁決，只是遵循了大國的慣例。
阿里森在《外交家》（The Diplomat）雜志上發表的分析文章中說，“首先會發現的是，從來沒有一個聯合國安理會常任理事國曾經遵守與常設仲裁法院有關海洋法公約的裁決。”
他說“事實上，五個常任理事國當中，沒有一個曾經接受過任何一次國際法庭裁決，只要（他們認為）它侵犯了它們的主權或者國家安全利益。”
他在文中列出涉及大國的幾個例子，其中有的案件並不是在仲裁庭進行，而是聯合國下屬的國際法院。
2013年：俄羅斯-荷蘭“極地曙光號”案
2013年9月，懸挂荷蘭國旗的綠色和平組織的“極地曙光號”（Arctic Sunrise）輪船進入被俄羅斯劃為特別經濟區的公海區域。俄羅斯海軍登上了輪船，扣押了所有船組人員。
荷蘭向常設仲裁法院控告俄羅斯政府，但莫斯科表示該法庭對此沒有司法權，不參與聽證，也拒絕仲裁庭要求釋放被扣人員的命令。隨後，仲裁庭裁決莫斯科須向荷蘭支付賠償，俄羅斯亦拒絕接受。
2015年：英國-毛里求斯查戈斯群島案
2015年，查戈斯案的仲裁庭曾裁定，英國在其印度洋領地查戈斯群島（Chagos Islands）設立海洋保護區違反了《聯合國海洋法公約》，侵犯了該海域的島國毛里求斯居民的漁權。
對這起毛里求斯發起的案件，英國在此前已經表示該仲裁院沒有相關的司法管轄權。至2015年3月，仲裁院裁定自己對此有管轄權。英國沒有明確表態是否將遵守有關的裁決，但是該區域的海洋保護區至今仍然維持原狀。
1980年代，美國對尼加拉瓜
1980年代，美國曾經拒絕接受國際法院的裁決。
1980年代，尼加拉瓜向國際法院控告美國在其海灣開採自然資源，並在尼加拉瓜的內部衝突中對該國右翼反政府勢力加以支持。
華盛頓表示國際法院對此無司法管轄權，在法院駁回這一說法後，美國拒絕參與聽證以及任何有關此案的後續程序。此前，美國還進一步拒絕承認該法庭此後對任何有關美國的仲裁案件有司法權。
但是，霍夫斯特拉大學法學教授古舉倫說，很多裁決，最後以其他各種方式間接遵守了。
古舉倫說 :“美國幾年後同意向尼加拉瓜支付錢款（美國向尼加拉瓜新政府提供貸款和援助），他們也停止了他們當時所做的一切。這些國家最後都遵守了，但是通常不是立即馬上，總是過了很長時間。‘極地曙光號’案，俄羅斯後來也遵守了。你說對了， 他們總是無視裁決，但是最後，他們發現做出某種補償或是有限的遵守是符合他們的利益的。”
至於中國，他說，中國願意重啟談判，也是一種明顯的改變。
