台灣政府高層迅速拒絕了海牙仲裁庭的裁決，表達了捍衛南中國海諸島的決心，但是錯愕之餘，並未表示將在南中國海問題上與中國大陸進行合作。
台灣總統蔡英文星期三上午，在南部的高雄港登上一艘即將開赴南中國海執行巡航任務的台灣海軍軍艦，對艦上官兵發表講話。蔡英文說:
“南中國海仲裁的判斷，特別是對太平島的認定，已經嚴重損及我國對南中國海諸島以及相關海域的權利。這艘船代表中華民國。各位身上的制服就代表國民的託付，這次巡航的任務，就是要展現台灣人民捍衛國家利益的決心。”
星期二聯合國海牙仲裁庭裁決認為，中國不享有對南中國海水域的“歷史權利“。中國大陸宣稱的所謂九段線可以追溯到台灣國民黨政府統治時期。
另外，海牙仲裁庭的裁決，特別涉及到台灣實際佔有的太平島的法律地位，並稱太平島並非屬於“島嶼”。對此台灣外交部長李大維在立法院表示。
“海牙仲裁庭以中國台灣當局，Taiwan authority of China, 不當稱呼我國，貶低我們作為一個主權國家的地位，並且自行擴權，將全來不在菲方訴求的太平島島嶼全數判斷為岩礁，嚴重損害我南中國海諸島的法律地位及其相關的海洋權利，因此我們絕不接受仲裁的結果，主張這個仲裁對於中華民國不具有任何法律追述力。”
台灣海軍這艘軍艦起航執行任務的日期比原計劃提前了一天。
另外，報導援引台灣政府高級官員星期三的話，台灣和大陸都反對海牙仲裁庭的裁決，但是台灣不會在海上與中國合作，暗示兩岸之間的麻煩關係沒有絲毫改變。
