香港防暴警察10月20日在用水炮車對尖沙咀彌敦道上參加九龍大遊行的示威者清場時，藍色水柱擊中九龍清真寺的正門和鐵閘，清真寺多處被染藍，引發各界震驚。行政長官林鄭月娥和警務處處長盧偉聰週一上午造訪清真寺。清真寺代表會後表示，兩人有向他們道歉。
據港媒報導，林鄭月娥身穿米白色長袖外套、深色長褲、圍著披肩到場。盧偉聰則身穿深色西裝。兩人11點左右達到清真寺，與教長會面。她們離開時，盧偉聰被問到是否前來道歉、水炮車是否刻意射向清真寺等問題，他都沒有回應。
據清真寺代表會後表示，林鄭月娥和盧偉聰有道歉，承諾不會再發生類似事件。清真寺方面則接受道歉，稱穆斯林團體在香港一向非常和平，而清真寺外當時沒有暴力情況，警方沒有理由射水炮。清真寺代表還感謝市民事後自發幫助清洗，而警方代表昨天夜裡拜訪時也有協助清理。
警方裝甲車和水炮車周日下午在彌敦道從尖沙咀向旺角方向清場，並在清真寺附近停下。當時清真寺門外只有少數媒體記者和一些明顯非示威者，包括南亞裔人士。水炮車先後兩次橫向射向清真寺方向行人路的這些人，殃及清真寺正門、樓梯及大閘。
消息傳開後，幾十位市民自發攜帶清潔用品到清真寺清洗藍漬。
警方周日晚兩次通過社交網站表示，在驅散過程誤中正門及大閘，事後立即聯絡清真寺首席教長及穆斯林社區領袖。另外，油尖警區指揮官何潤勝、警察公共關係科高級警司余鎧均及兩名非華裔警員，夜間也主動到清真寺與教長會面，解釋事件及表達關注，逗留約半個小時。期間，多名便衣警員手持水桶及毛巾，短暫清潔正門樓梯和欄杆。
香港民間人權陣線和融樂會分別譴責警方侮辱宗教場所及侵擾宗教自由，需要立即向受害者及清真寺道歉。而24名民主派立法會議員也發表聯合聲明，批評警方毫無必要地以藍色催淚水炮射向九龍清真寺和人群，褻瀆宗教聖地。聲明指警方事後聲稱“誤中”是歪曲事實，對於警方的行為感到震怒，予以強烈譴責。
聲明表示，事發時九龍清真寺外根本沒有警方口中的“暴徒”聚集，少數逗留的都是守衛清真寺的有心人，包括印度協會前主席穆漢楮簡寧（Mohan Chugani）、融樂會總幹事張鳳美及立法會議員譚文豪，當中還有小孩，難以理解水炮車為何刻意對準他們。聲明要求當局必須向清真寺及受傷市民鄭重道歉，公開行動指揮官姓名及職級等資料，並將涉事警務人員立即停職懲處。
