日本政府首次官方正式回應有香港留學生因在日本時發表網上言論而在回港後被捕事件。這次事件早已引發日本學者擔心影響香港人以至日本人的言論自由。日本政府官員指出，已經向中方表達自由、人權與法治在中國受到保障是十分重要的。
日本內閣官房長官松野博一表示，香港警方被指就一名香港女學生在日本留學時作出的網上言論，在她三月回港時以涉嫌“煽動分裂國家”罪拘捕的事件，損害了大眾對“一國兩制”的信任，以及加劇外界的嚴重關注。
日本東京大學社會學教授阿古智子月初在日本雅虎網站撰文披露事件，其後日本及國際媒體都有跟進報道。松野博一在星期三的例行記者會上，被《產經新聞》記者問到事件時確認已經知悉事件。
他說：“日本認為，在國際社會中，自由、基本人權和法治是普世價值，在中國得到保障是非常重要的。我們已經直接向中國政府傳達了這種立場。”
他又說：“關於香港周邊局勢，自 2020年6月制定《維護國家安全法》以來，發生了諸如逮捕民主派等各種的事態發展。此外，2021年3月，香港基本法有關香港選舉制度的規定發生變化，這種情況繼續破壞人們對‘一國兩制’的信任，並加劇了人們的嚴重關注。日本將要求香港當局，按照香港基本法的規定保障言論和新聞自由，並與國際社會密切合作，向中方強烈呼籲。”
阿古智子之前對美國之音指，該名23歲女學生被指在Facebook發布煽動港獨信息時，身在日本，她是為了更換身份證時才返回香港。她說，該名女學生的言論十分普通，認為類似的案件越來越多，會逐漸影響日本的言論自由。
該名女學生已經取得保釋，但護照被沒收。阿古智子呼籲該名女學生就讀的大學考慮讓她參與線上課程。
日本外相林芳正在月初訪華，與新任中國外長秦剛首次會面。日本放送協會（NHK）報道，林芳正表達對香港和新疆人權問題的關注，強調台海和平安定的重要，又要求中方盡早釋放在三月以間謀罪逮捕的日籍藥廠男高層。