2019年反修例運動期間曾經與學生對話的香港中文大學校長段崇智，星期一以中大已落實新的管治架構為理由提出辭職，他認為現時是物色新校長的“合適時機”，將會提早於明年1月卸任。有學者分析，段崇智在愛國者治港下已經盡量表現政治忠誠，包括參與聯署支持國安法以及封殺學生會等，不過，他仍然因為曾經與學生對話而被秋後算帳。有學生憂慮新管治架構下中文大學的院校自主會被削弱。
現年72歲的香港中文大學校長段崇智，2018年1月1日上任接替前校長沈祖堯，至今任職6年，2022年獲中大續聘至2026年底。
段崇智請辭明年1月提早離任
中文大學星期二(1月9日)發公告表示，段崇智星期一(1月8日)已經提出辭職，意味段崇智在新合約剛開始8日就請辭，將提早於2025年1月卸任，比原訂的合約提早約兩年離任。
中大的公告引述段崇智表示，中大在大學條例修訂後落實新的管治架構，此時是讓大學物色一位新校長的合適時機。段崇智又表示，他在香港土生土長，能夠回到自己的家，並獲委以重任服務這所偉大學府及整個大學群體，履行中大的創校使命，是他畢生的光榮。
反修例運動後中大學生進入校園必須”拍卡”經過閘機。(美國之音/湯惠云)
反修例運動被學生暱稱為“段爸”
中文大學在2019年11月反修例運動期間成為風眼，當時曾經發生為期數日的“中大保衛戰”，警方大規模向校園內發射摧淚彈，又出動水炮車驅散示威者，段崇智當時與學生多次對話，期間一度落淚，並承諾校方會盡力協助被捕的學生，因此被學生暱稱他為“段爸”。
其後，2020年6月30日國安法實施加上愛國者治港，段崇智與中大與學生會“割蓆”、搬走民主女神像、實施校園出入口拍卡入閘等事件，令段崇智在學生之間的風評急轉直下。
反修例運動平息後，段崇智2022年獲續聘3年，引起很多建制派人士，尤其是前特首梁振英的不滿，指控他在社運期間“包庇學生”，不段對他口誅筆伐。
鍾劍華指辭職因反修例運動秋後算帳
香港理工大學應用社會科學系前助理教授鍾劍華接受美國之音訪問表示，他40年前在中文大學畢業，作為中大校友他對今次段崇智辭職事件感到羞恥，他坦言，以前會以中大畢業生為傲，但是近年“新香港”的政治環境之下，大學已經變成權勢的附庸，他對中大發生的事情不會太過介懷。
鍾劍華分析，段崇智在愛國者治港下已經盡量表現政治忠誠，包括參與聯署支持國安法以及封殺學生會等，他認為段崇智辭職主要因為反修例運動期間，曾經與學生對話而被秋後算帳。
鍾劍華說：“段崇智已經盡量表達他的政治忠誠，剛剛我講了，簽名支持國安法、容忍校園那些護衛(員)一而再報警抓學生、有份封殺學生會，這樣仍然都被拉下台，就是因為有些人要針對他，覺得他在2019年(中大)二號橋事件，同學生見面的時候表達那些態度，令到它們尷尬，警察才寫一封這麼沒禮貌的信給一個大學校長，所以其實政治忠誠凌架一切，早已經成為事實的了，不過，現在(辭職)就不是政治忠誠的問題，而是要秋後算帳，即是他在那段時間(反修例運動)裡面，令到當權者尷尬，所以就是‘搞(整)他’這樣而已。”
訪客進入中大校園必須登記身分證資料。(美國之音/湯惠云)
評論指愛國者治港敵我矛盾氛圍
時事評論員譚美德接受美國之音訪問表示，愛國者治港下的“新香港”，各大專院校的校長都爭相表現政治忠誠，他認為今次段崇智辭職，反映愛國者治港下的政治氛圍，已經容不下一丁點的“持平”，或者“中間落墨”，整個管治氛圍充斥著敵我矛盾。
譚美德說：“你見到現在特別在愛國者治港這面旗幟底下，整個香港的管治氛圍，其實是充滿著一種敵我矛盾，那個意思就是說，你是不容許有任何灰色地帶，你要是就101%都是愛國，否則的話你就是你的政治立場有問題了，這個在段崇智校長他受到壓力請辭底下，其實這個情況是反映得非常之清楚。”
估計或由出身中國學者繼任
譚美德表示，事件反映段崇智在反修例運動當中的表現，已經“被定性為站在反對派一方”，他當時跟學生會面，希望以“中間落墨”的方式讓各方都有“下台階”，這個良好意願不被接納，加上國安法實施超過3年半以來，幾乎所有反對派都被革滅，在完全沒有敵人的情況下，一些不夠“紅”的政界甚至學術界人士都成為打擊對象，他形容段崇智就是一個具象徵性意義的打擊對象，也成為了政治掛帥的犧牲品。
譚美德估計，段崇智的繼任人選極有可能是出身中國大陸的學者，因為國安法實施後各大學校長必須“愛國”和“表忠”，相信外籍學者難以接受對北京“表忠”。
中大前副校長黃乃正接受香港《明報》訪問時批評，“有人玩政治玩到這樣，士可殺不可辱”。 他又表示香港要想成為國際創科中心，“‘不要發夢’（不要造夢），對校長這樣的態度，有能力的人怎會願意來香港做校長？”
學生憂院校自主被削弱
去年12月13日中大校董會突然宣布，校方補錢即時解僱副校長(行政)及秘書長吳樹培。校董會當時表示，對吳樹培能夠或願意以符合良好管治原則的方式，以支持校董會的工作，已經失去信心。外界質疑，吳樹培曾參與聯署反對校董會改組，並曾經支持抗爭的學生，上個月被即時解僱可能是“秋後算帳”。
中文大學一年級學生李同學接受美國之音訪問表示，他對段崇智突然“被辭職”感到震驚及難以理解，對於大學管理層短期內接連發生高層人事變動，他憂慮新管治架構下中文大學的院校自主會被削弱。
李同學說：“我會覺得多少人事變動都會有很多政策的改變，難免中大它學校的自主的程度，一定會減少了，當然會不會好像之前那麼高，這樣個人覺得就未必了，跟著所以都會沒那麼樂觀，對於往後中大是不是真的有一個比較高的(院校)自治、自主權，又不是自治、自主權吧，就是這樣。”
李同學認為，段崇智表面上是自動辭職，但他認為實際上是“被辭職”，因為段崇智辭職前已經有中大高層被即時解僱，所以這次請辭很可能是在壓力下促成。
去年9月剛入讀中大一個學期的李同學表示，對段崇智的印象感覺相當和善，他入讀中大之前已經覺得他是一個很好的校長。對於段崇智的繼任人選，李同學擔心新校長的政策更多會傾向遷就政府。
教育局長指辭職與改組校董會無關
香港教育局長蔡若蓮星期三(1月10日)回應傳媒提問表示，段崇智是中大校董會成員，一直知悉改組方案的內容，她認為段崇智辭職是個人決定，不覺得與中大校董會改組一事有何關係，段崇智本人亦在聲明中提及，現正是合適時機，開展中大新一頁。
被問到立法會通過改組中大校董會之後，中大副校長吳樹培上月被解僱，及後段崇智一個月內相繼辭職，會否認為校董會權力過大，導致中大管治出現混亂。
蔡若蓮回應表示，中文大學的校董會改組並不是短時間內進行，整個過程由2009年開始，至2016年期間亦提出過數次，今次修訂是參考全香港或國際最好的大學管治模式及大學管治報告。她相信校董會會按程序及相關條例，展開校長招聘工作，務求令到大學的發展和過渡能夠順暢。
3名身兼中大校董的立法會議員張宇人、鄧家彪、劉國勳提出改組中大校董會私人草案，他們星期三回應段崇智辭職表示，尊重段崇智辭職的決定，強調改革校董會及更換校徽風波中都是“對事不對人”。中大校董張宇人強調，“不是我們做任何手段令他(段崇智)辭職”。
中大校友對母校淪為政客手中玩物而傷感
有中大校友星期二(1月9日)在社交網站帖文表示，段崇智下台非自願可謂呼之欲出。身兼中大校董的幾個政客先是強行修例將校董會改組，隨即在校外校內成員比例為8比1的過渡期粗暴解僱了副校長吳樹培。他們修例時取消了與中大有歷史聯繫的終身校董，再“分餅仔式”（分配）委任了多名與中大無關的友好取而代之。在校董會內，為中大利益設想是曲高和寡。
帖文表示，今日逼走大學校長的校董會，是由他們委任的20名校外成員和3名校內成員組成，當中一名校友代表都沒有。此批外人有權用盡，雀巢鳩佔，將行使院校自主的機構收攏成政治權力的角力場。對此我們感到無比憤慨。
以事論事，段崇智對政權來說行事算循規蹈矩：報警拉學生、強搶民女（民主女神像）、逼學生會解散、對學生代表祭以紀律處分等都是“交足功課”。張宇人及其黨羽如此著迷於批鬥和清算中大管理層，只是要為早年的社會動蕩找一個代罪羔羊。我們相信廣大中大人皆對母校淪為政客手中玩物而傷感。
帖文表示，擔憂校長遴選委員會只會選出對政權言聽計從的所謂學者，更甚是由中國學者出任，進一步蠶蝕中大傳統文化和學術土壤。