台灣法務部次長陳守煌在會中表示﹐陳水扁是經由法院判刑確定的貪污犯﹐所以是刑事犯﹐而不是政治犯或良心犯﹐不能以軟禁來代替服行。陳守煌還強調﹐台北監獄非常重視陳水扁在獄中的醫療人權和身心健康。
他說﹕“只要反應不適﹐就立刻安排專科醫師為他在監治療﹐醫師來監獄看診有60次﹐或需要到監獄外的醫院看病﹐這部份戒護就醫﹐我們送到大醫院有6次。”
陳守煌還指出﹐陳水扁獄中房舍的面績是其他犯人的7倍﹐運動時間則是2倍。陳水扁保外就醫之後﹐家屬可以不限次數﹑每日探訪﹐其他受刑人則必需戴戒具﹐不能任意活動。
台灣外交部次長董國猶還表示﹐目前外界有一些說法與事實不符﹐使得台灣政府遭到誤解﹐事實上﹐基於對前元首的尊重﹐陳水扁在獄中獲得了一定的禮遇。
另一方面﹐陳水扁辦公室則表示﹐陳水扁含冤被關入黑牢﹐不僅失去自由之身﹐更是台灣司法的崩毀。扁辦呼籲﹐政府應該讓陳水扁假釋﹐並獲得適當的醫療照顧。
前美國司法部長克拉克今年8月受台灣獨派人士邀請赴台訪問﹐並前往監獄探視了陳水扁。克拉克表示﹐關押陳水扁是危險的司法遊戲﹐聯合國人權委員會應該深入了解這個問題。
一些陳水扁的支持者還在美國成立了全美救扁聯盟﹐呼籲停止政治迫害﹐並讓陳水扁保外就醫﹐以降低藍綠對立。
在野的民進黨立委陳亭妃告訴美國之音﹐台灣政府應該停止以政治手段介入扁案﹐並且讓這個案子回歸醫療人權。
她說﹕“而且有那麼多的各國人權組織來台看陳前總統﹐他們也認為﹐台灣的做法實在太不人道了﹐違反人權。”
面對綠營的批評﹐台灣總統馬英九曾經多次針對扁案強調﹐他尊重司法﹐也絕對不會介入司法個案。
陳水扁於今年9月21號開始﹐移往台北榮民總醫院就醫﹐院方表示﹐陳水扁目前有重度憂鬱症﹐至於何時能出院﹐還很難判斷。台灣法務部強調﹐陳水扁如果沒有戒護外醫的必要﹐就應該回到監獄就醫。
陳水扁被判3項貪污罪﹐刑期總共18年6個月﹐同時還涉及了洗錢﹑侵佔等案子﹐目前分別由檢察官和法院審理當中。