台灣與日本簽署了兩個備忘錄，加強彼此在打擊走私與非法移民等跨國犯罪，以及海洋科學研究事務的雙邊合作，不過在雙方有爭議的“沖之鳥”議題上沒有達成共識。
星期四，在東京舉行的第三屆“台日海洋事務合作對話”會議後，台灣日本關係協會會長邱義仁與日本台灣交流協會會長大橋光夫(Mitsuo Ohashi)在一個儀式中籤署了這兩個備忘錄。
據台灣外交部的聲明，台日簽署的備忘錄分別是《走私及非法入出國應處合作》及《海洋科學研究合作》，前者目的在於強化雙方共同打擊跨國犯罪，“杜絕海上走私及非法入出國”，後者是為促進台灣與日本在海洋及有關大氣、地質、地球物理、生態與環境變遷的學術合作與交流。
聲明說，台日雙方在這次對話中針對海上安全合作、海洋科學調查及漁業領域合作等議題進行討論，雖然在有關“沖之鳥”議題上彼此“尚未達成共識，但雙方同意就漁船在該海域的作業問題持續對話溝通。”
此外，聲明還提到，在漁業相關領域部分，雙方將就鮪延繩吊漁船管理、共同打擊非法漁業及台日漁業協議適用海域等問題，在“求同存異”的原則持續協商。
日本《共同社》27日報導說，台日雙方在海洋事務合作對話簽署的備忘錄中同意，“允許台灣漁船在日本宣示的沖之鳥周邊專屬經濟區作業。”
此前日本針對台灣漁船“非法”進入日本水域一事向台灣政府提出抗議。
《讀賣新聞》上星期根據日本海上保安廳報導，2018年台灣漁船“入侵”日本“領海”非法撈捕的船隻數量達310艘，日本外務省已通過渠道向台灣提出抗議。多數船隻作業範圍在尖閣諸島（中國稱釣魚島，台灣稱釣魚台）附近海域。
台灣外交部發言人李憲章隨後重申，釣魚台列島“是中華民國領土。”
日本、台灣和中國都對釣魚島宣示主權。雖然台灣與日本對釣魚島主權有爭議，但根據2013年台灣與日本簽署的台日漁業協定，雙方漁船可以在東中國海非經濟區重疊海域捕魚。
由於台灣與日本沒有外交關係，台日關係協會與日台交流協會是雙方維繫彼此關係的代表機構，除了這兩個機構外，台灣外交部說，台灣方面參與這次對話的包括外交部、科技部、海巡署及漁業署，日本方面則有外務省、海上保安廳、水產廳及文部科學省等單位的代表。
台日海洋事務合作對話是在2016年台灣漁船在沖之鳥附近水域作業遭到日本拘捕後，雙方為解決漁事糾紛所推動的對話機制，2016年10月第一次召開。台灣外交部說，雙方已同意第四屆海洋事務合作對話將於明年在台灣擇期舉行。
