台灣前副總統呂秀蓮表示，由這次台菲之間的漁事糾紛來看，一個中國原則將是台灣前途的最大陷阱，應該好好的檢討。
她說：“本來我們還很理性的，就是菲律賓總統宣佈要以一中原則處理漁事糾紛之後，超越藍綠，藍營過去一直非常迷戀一中原則的，突然都被刺到了，都覺得不行、不行，大家都一樣擔心，如果他不向我們道歉，去和習近平道歉的話，不知道會怎麼樣。”
呂秀蓮還認為，台灣未來應該更加重視海洋立國的精神，以及嚴肅思考需要何種海洋戰略以及國家戰略目標。
台灣綠營立委日前在立法院舉辦了一場名為”台菲海事衝突的省思與啟示”座談會，邀請了前副總統呂秀蓮以及朝野立委、學者參與。
與會的國民黨立委邱文彥表示，台菲漁事糾紛是一個暫時的事件，雙方未來應該走向資源共享，共同開發。
他說：“所以怎麼讓共享型的海域，像是巴士海峽、台灣海峽、東海，以南極條約的精神，把它變成非武力的、和平的、合作的海洋。”
邱文彥還說，台灣藍綠政黨應該共同合作，推動成立漁業海洋部，讓台灣成為一個強大的海洋國家。
民進黨立委林佳龍表示，台灣政府應該透過這次台菲之間的衝突，以國防武力為後盾，爭取參與區域雙邊或多邊對話的機會。
他說：“南海地區的海上救難、環境的議題，捕漁的重大關係上，可以更正當的透過美國，甚至要求中國必須在南海議題上讓台灣有一定參與的空間，包括東盟的區域論壇(ARF)。”
林佳龍還指出，亞太國家對於中國影響力不斷增加表示警戒，台灣應該配合美國重返亞洲的政策，凸顯台灣在這個區域當中的戰略價值。
淡江大學亞洲所所長林若雩表示，中國試圖利用這次衝突，營造和台灣聯手對抗菲律賓的假象，這不僅傷害台灣的主權，更不利於台灣和東盟國家關係的發展。
林若雩所長還指出，台菲這次的漁事糾紛之後，雙方應該以經濟安全為重，並且避免任何可能的軍事衝突。
菲律賓總統阿基諾日前表示，為了避免在發生海上爭議，菲律賓對於和其他國家洽談漁業合作協議，持開放態度。
對此，台灣總統馬英九表示歡迎，並指出簽定漁業協定最為重要，把界線劃清楚，未來有爭議時，處理起來比較有依據。
