據海軍知情者透露，馬發祥是上星期四從海軍大院東區100號樓的15層跳下身亡的。馬發祥跳樓尚未得到官方正式確認，但據說他自殺的消息已傳遍海軍大院。海軍大院即解放軍海軍總部所在地。
有消息稱，馬發祥在跳樓自殺前曾被軍紀委約談，疑與貪腐有關。另有說法稱，馬發祥自殺可能是因為抑鬱症。
馬發祥是去年7月被提升為海軍副政委的。他在90年代初任海軍報社政工處處長，2004年7月擔任海軍裝備研究院政委，2005年晉升少將，2011年出任海軍政治部主任。
馬發祥最後一次公開露面是在10月22日。據解放軍報報導，他當天與海軍司令員吳勝利一同前往浙江舟山某軍港歡迎亞丁灣護航、馬航MH370失聯航班救援和友好訪問任務的中國海軍第十七批護航編隊長春艦和常州艦趕返回。有消息稱，當時馬發祥已經被「問話」。
有分析認為，馬發祥自殺或與徐才厚案有關。據稱，馬頗有文才，當年曾得到時任解放軍總政治部主任于永波的賞識。徐才厚曾是于的秘書，兩人又都是遼寧瓦房店人。但也有分析認為，馬被調查是與前中央軍委副主席郭伯雄有關。
如果屬實，馬發祥跳樓自殺將是解放軍近年來又一大醜聞。前海軍副司令員王守業因貪污1.6億元人民幣和包養情婦於2006年被判處死緩。今年9月2日，海軍南海艦隊裝備部部長、海軍少將姜中華在浙江舟山一個酒店跳樓身亡。
紐約城市大學政治學教授夏明認為，海軍接連出事與近年來中國軍事戰略向海軍傾斜、解放軍將大筆經費投入到海軍的建設上有關。「有大投入就一定有大貪腐，」
他說，“從海軍副司令王守業到海軍副政委馬發祥，他們出事都與海軍裝備部有關。這裡面最根本的問題就是裝備部掌握大量撥款。而這些撥款怎麼分到下面的造船廠，而這些船廠主要集中在大連、青島、上海和海南。這裡的貪腐是天文數位。同時它和遼寧、山東、上海和海南這些當地的駐軍和政府也會產生非常緊密的關係，因為涉及到海軍基地、特別是中國航母基地的建設。”
香港軍事評論員馬鼎盛認為，中共加大軍隊反腐力度是要為國防現代化清掃障礙，通過曝光軍中的腐敗問題讓社會和輿論進行監督。
他說：“一方面是動，第二方面是亮。把它亮出來就是要借助社會和民眾的力量監督。要是這樣的話，就是個好事。”
最近，坊間接連傳出解放軍高級將領落馬消息，除海軍的馬發祥和姜中華以外，還有總後勤部副部長劉錚中將、瀋陽軍區原聯勤部部長王愛國少將、原湖北省軍區司令員苑世軍少將、黑龍江省軍區原司令員冠鐵少將等共六名將級官員。還有就是正在接受調查的前中央軍委副主席徐才厚。
港軍事評論員馬鼎盛說，現在習大大加大反腐力度，連徐才厚那個級別都動了，一個海軍副政委、中將也沒什麼不能動的。
