菲律賓週二（7月9日）對中國指責菲律賓在南中國海爭議島嶼第二托馬斯淺灘（仁愛礁）的坐灘軍艦破壞了這一水域的珊瑚礁生態系統作出回應。菲律賓表示，破壞海洋環境的不是馬尼拉而是北京。
菲律賓通訊社（PNA）週二引用菲律賓西菲律賓海特種部隊發言人喬納森·馬拉亞（Jonathan Malaya）的話說，“所謂中國專家對菲律賓進行譴責是虛假的和典型的誤導。”
馬拉亞說，「人們發現，正是中國對珊瑚礁造成了不可挽回的損害，正是中國對海洋環境造成了難以估量的破壞，危及了（魚類的）自然棲息地和成千上萬菲律賓漁民的生計。
菲律賓呼籲由獨立的第三方對南中國海珊瑚礁遭到破壞的原因進行科學評估。
週一，中國自然資源部發布報告說，菲律賓「坐灘」軍艦嚴重損害了那裡的珊瑚礁生態系統的多樣性、穩定性和持續性。
報告說，軍艦鏽蝕破損導致的重金屬析出及菲律賓人員的生活廢棄物與污水排放對珊瑚的健康造成了長期的危害。菲律賓漁船和軍艦上人員在漁業活動中棄置的漁網漁線等對珊瑚礁生態系統健康造成了嚴重影響。
報告表示，2024年較2011年,該淺灘的礁盤造礁石珊瑚覆蓋面積整體減少了約38.2%,菲律賓軍艦週邊半徑400公尺範圍內礁盤的造礁石珊瑚覆蓋面積減少了約87.3%。
兼任菲律賓國家安全委員會助理總幹事的馬拉亞指出，「事實上，常設仲裁法院（PCA）於2016年就認定中國參與破壞海洋環境。仲裁裁決第464頁指出，中國在南中國海美濟礁（Panganiban Reef）上面建造了一個大型人工島加劇了對該島礁的糾紛，對美濟礁的珊瑚棲息地造成了永久性的、不可挽回的破壞」。
馬拉亞也譴責中國在華陽礁（Calderon Reef）、永暑礁（Kagitingan Reef）、赤瓜礁（Mabini Reef馬比尼礁）、休斯礁（McKennan Reef麥肯南礁）、渚碧礁（Zamora Reef薩莫拉礁）等人工島上部署軍事設施，將這些島礁變成了軍事基地。
中國和菲律賓長期以來對斯普拉特利群島（南沙群島）的第二托馬斯淺灘和薩比納礁（仙賓礁）的主權存有爭議，並時常發生糾紛甚至對峙。
菲律賓1999年將廢棄的「馬德雷山號」登陸艦擱淺在第二托馬斯淺灘，並派遣軍人駐守,以強化對斯普拉特利群島的主權主張。菲律賓定期向擱淺軍艦上的駐軍提供補給物資。中國則經常派遣海警船或「漁船」對菲律賓運送補給物資的船隻進行阻撓，雙方為此不斷發生對抗和衝突。
上個月中國海警新規生效後，中國海警部隊的海上行動明顯更趨頻繁，同時也更加咄咄逼人，屢屢對菲律賓船隻使用高壓水砲、軍事級激光，以及用大噸位的海警船進行衝撞等。
6月17日，菲律賓海軍再次試圖提供補給，遭到中國海警人員手持刀具、棍棒和斧頭襲擊，菲律賓軍人的槍支被搶，氣墊船被損壞，還有一名菲律賓水手在撞擊中失去了一個拇指。這是近幾個月來中國和菲律賓船隻之間一系列衝突中最新且最嚴重的一次。日本、美國及其亞洲和西方盟國和安全夥伴都對中國的行動表示擔憂。
華盛頓智庫國際戰略研究中心(CSIS)去年發布報告說，中國在南海的填海造島工程將4,600公頃的礁石埋在海下。
中國方面聲稱，它擁有南中國海這條重要的國際航運通道幾乎全部的海域的主權。全球每年有價值約三兆美元的貨物經過這條航運通道。南中國海的聲索國還有菲律賓、汶萊、馬來西亞、台灣和越南。它們的聲索範圍一般都在本國海岸附近的水域。
菲律賓特種部隊表示，有證據顯示中國對南中國海多個海域的「珊瑚礁遭到嚴重破壞」負有責任，其中包括斯卡伯勒淺灘（黃岩島）和薩比納淺灘（仙賓礁）。菲律賓警告「中國專家」試圖散佈虛假資訊並製造「惡意影響」。