在中菲兩國就南中國海有爭議島礁的對峙日益升級之際，中國星期一（7月8日）稱菲律賓在斯普拉特利群島（Spratly Islands,中國稱南沙群島）“非法”坐灘的軍艦「嚴重損害」了那裡的珊瑚礁生態系。
中國自然資源部發布消息說，自然資源部南海生態中心、自然資源部南海發展研究院聯合發布《仁愛礁非法「坐灘」軍艦破壞珊瑚礁生態系統調查報告》，稱基於衛星遙感和現場調查數據,首次全面系統評估了仁愛礁（第二托馬斯淺灘，Second Thomas Shoal，菲律賓稱為阿雲金礁）的珊瑚礁生態系統狀況。
該報告稱,菲律賓軍艦長期在斯普拉特利群島的第二托馬斯淺灘非法“坐灘”,已經嚴重損害那裡的珊瑚礁生態系統的多樣性、穩定性和持續性。
報告說,菲律賓軍艦「坐灘」過程對珊瑚礁生態系統造成致命性破壞,其長期「坐灘」又對週邊區域珊瑚的生長與恢復產生了較大抑制性影響。軍艦鏽蝕破損導致的重金屬析出及菲方生活垃圾與污水排放等對珊瑚的健康生長造成了長期性危害。菲漁船和軍艦上人員在漁業活動中棄置的漁網漁線等對珊瑚礁生態系統健康造成了嚴重影響。
報告表示，2024年較2011年,該淺灘的礁盤造礁石珊瑚覆蓋面積整體減少了約38.2%,菲律賓軍艦週邊半徑400公尺範圍內礁盤的造礁石珊瑚覆蓋面積減少了約87.3%。
報告要求菲律賓應將非法「坐灘」軍艦清走,消除污染源,避免繼續對仁愛礁珊瑚礁生態系統造成持續性和累積性危害。
路透社報道說，菲律賓的海岸防衛隊和海軍還沒有立即對中國的報告或說法做出回應。
報導表示，中菲雙方都曾報告由於船隻和漁船在某些環礁附近操作而造成珊瑚礁受到破壞。
去年，菲律賓指責中國破壞菲律賓在南海專屬經濟區內的珊瑚礁，表示在探索針對中國的法律選項。
菲律賓也說，在過去的周末，中國派遣最大的海警船在菲律賓專屬經濟區內拋錨，意圖對菲律賓進行恐嚇。
中國和菲律賓長期以來對斯普拉特利群島的第二托馬斯淺灘和薩比納礁（Sabina Shoal，中國稱為仙賓礁，菲律賓稱Escoda）的主權存有爭議，並時常發生糾紛甚至對峙。
菲律賓1999年將廢棄的「馬德雷山號」登陸艦擱淺在第二托馬斯淺灘，並派軍駐防,以強化對斯普拉特利群島的主權主張。菲律賓經常會向擱淺軍艦上的駐軍提供補給,引起中國不滿,雙方不時在南中國海這片有爭議的水域發生衝突，尤其是近幾個月更是衝突升級。中國為強化其對南海的領土主張，在該海域採取挑釁活動，包括使用水砲、軍事級激光，以及船隻衝撞等手段，對付提供補給的菲律賓船隻。
今年6月17日，菲律賓海軍再次試圖提供補給，遭到中國海警人員手持刀具、棍棒和斧頭襲擊，導致一名菲律賓水手失去了一根拇指，槍支被搶，氣墊船被損壞。這是近幾個月來中國和菲律賓船隻之間一系列衝突中最新且最嚴重的一次。日本、美國及其亞洲和西方盟國和安全夥伴都對中國的行動表示擔憂。
這次衝突事件發生後，中國副外長陳曉東和菲律賓副外長特雷莎·拉扎羅（Theresa Lazaro）7月2日在馬尼拉舉行了會晤，雙方同意有必要恢復信任及信心，以更好地管控雙方在南中國海的海上爭端，並緩和緊張局勢。
中菲副外交部長會談結束後，菲律賓武裝部隊總參謀長羅密歐·布勞納（Remeo Brawner）7月4日透露，菲律賓總統小費迪南德·馬科斯（Ferdinand Marcos Jr.）已經下令菲律賓武裝部隊緩和南中國海的緊張局勢。
南中國海是一條國際貿易的關鍵水道，每年有價值超過三兆美元的國際貿易經過南z'g海運輸。中國聲稱擁有幾乎整個南中國海的主權，而其他主張擁有南中國海全部或部分主權的國家和地區包括菲律賓、越南、印尼、馬來西亞、汶萊和台灣。
海牙國際仲裁法院2016年曾就南中國海主權爭議作出判決，裁定中國基於歷史權利的南中國海九段線主張缺乏法理基礎，但是北京不僅拒絕參與仲裁，也拒不承認仲裁結果。