星期二早上，台北地方法院檢查署宣布因罪證認定不足，免於起訴涉嫌洩密罪的陸委會原常任副主委張顯耀等3人。 陸委會主委王郁琦隨後召開記者會，宣布請求辭職以承擔相應的政治責任。
王郁琦是台灣政府負責兩岸關係的主要官員，中國大陸方面與之對等的是國務院台灣事務辦公室主任張志軍。 兩人原定於上個週末在金門舉行的會談因為複興航空公司發生的空難而取消，雙方在中國最近劃定的 M503 新航線上的分歧也是會談未能如期舉行的重要因素。
2014年8月，王郁琦表示作為自己副手的張顯耀因家庭原因去職，但後者予以否認。 其後陸委會宣布張顯耀因工作上有尚待釐清的疑點，必須調離現職而接受調查。 台灣法務部調查局隨即以“外患罪”和“洩密國防以外機密罪”要求依法處置張顯耀，他成為大陸間諜嫌疑人。
張顯耀堅持強調自身的清白，大陸國台辦也對這項指責予以否認。
台北地檢署經過包括傳訊張顯耀及其助理、搜查其住所在內的一系列調查發現，他早已處於台灣國安部門的監聽中，政府掌握著他與中國大陸的互動模式與訊息交流，其行為並沒有嚴重到危害國家利益的程度。
地檢署還傳訊過陸委會部分官員，王郁琦也曾經出庭應訊。 他表示自己得到台商提醒說張顯耀與大陸官員走得很近，恐怕會出事，但除此以外並未提供檢舉信等物證。
在中午的記者會上，王郁琦表示無法認同檢方的調查但對結果表示尊重。 他 解釋說，檢方已經認定張顯耀涉嫌洩密的三種情況，“第一個是在跟陸方談判之前把談判的內容甚至底線洩露給陸方；第二個情況是將政 府的機密資訊透過一名台商轉交給陸方；第三個，他透過國內一家企業供養的民間助理處理本來由公務員、有授權的人才可以處理的政府機密資訊，這家企業可 能跟陸方有一些做生意的往來。”
台北地檢署認為這些屬於“不起訴的洩密”，張顯耀的做法未到犯罪的程度。
對於因張顯耀案而引起的社會紛擾，王郁琦表示自己以辭職來承擔責任，無怨無悔。 他說，“為了維護國家安全與談判紀律，就算時間重來，就算自己知道最後必須離開這個位置，我還是會做出一樣的選擇。”
王郁琦自2012年10月起擔任陸委會主委。 台灣總統府表示，馬英九認為他是非常優秀的陸委會主委，兩年來推動兩岸交流制度話和常態化認真負責，表現稱職。 張顯耀2012年2月起擔任陸委會副主委，與王郁琦共事時間不到兩年時間。
