中國在南中國海的造島活動是美中之間的一個重大分歧，也是這次兩國峰會的主要議題。奧巴馬在白宮玫瑰園的一次聯合記者會上說：“我向習近平主席表達了對在有爭議地區造島、建設工程和軍事化的嚴重關切，這些活動使得這個地區的國家更難和平解決分歧。 ”
可是習近平否認在島礁上建築軍事設施，他說，中國在南沙群島上的有關建築活動不是針對或影響任何國家，沒有軍事化意圖。
他說：“南中國海群島自古以來就是中國領土，我們有權維護自己的領土主權，以及合法海上權益。”
習近平還強調，中國致力於海上航行自由，他說，北京和華盛頓有著共同利益。
可是，英國權威防務雜誌簡氏防務周刊網站9月24日報導，中國已經完成了南中國海永暑礁上的機場跑道建設，即將投入使用。簡氏引用9月20日拍攝的衛星照片指出，這條長3125米的跑道上已經塗上了包括直升機起降點和其他跑道標誌在內的各種標記。
簡氏同時提到，衛星圖片顯示，包括東門礁、西門礁、赤瓜礁、華陽礁以及南薰礁在內的幾個小島礁的建設已經完成了通訊設備和軍事設施的安裝，而在渚碧礁和美濟礁上的建設工作則將繼續下去。
中國從6月起開始加緊建設人造島礁，其規模和速度引起這個地區國家和美國的不安。最新衛星圖像還顯示，人造島礁上已經完成的設施還有港口和軍事建築，另外還有2條飛機跑道在建設當中。
這些設施加強了中國在斯普拉特利群島的立足點，這些島礁離開中國大陸500公里以外。
美國一些人士主張向中國鄰國提供軍事援助，增加遏制力量。
美國前太平洋艦隊司令，退役海軍上將詹姆斯.萊昂斯對美國之音說：“我們要向盟國提供更多的資源，比如和我們有軍事防禦條約的菲律賓，在巴拉望地區和海峽部署反艦巡航導彈，我希望以租地的形式在菲律賓部署F-16戰機，並且提供FFG護衛艦，讓菲律賓擁有捍衛合法領土主權的能力。 ”
原美國國防部長辦公室中國問題官員約瑟夫.博斯科則指出，應該把領土爭端交給國際機構，和平解決。他說，中國單方面擴大島礁宣稱主權，是違反國際法的行為。
他說：“這是違反國際海洋公約的，我們有解決這類問題的機制。菲律賓和中國在一些島嶼上有主權糾紛，菲律賓把問題提交給聯合國，通過調解、談判，和平解決，這才是解決問題的方法，而不是某個國家佔領島嶼，並把它們擴大1倍，宣稱主權，修建飛機跑道，這是違反國際法的。”
美國國防部長卡特在本月早些時候的一次美國空軍會議上，呼籲南中國海存在領土爭議的各國立刻停止填海造島活動。他表示，這些活動有可能增加各聲索國之間誤判和衝突的風險。
據報導，美國國防部的報告稱，中國20個月來造出的陸地面積遠超其他聲索國40年來的造島總面積。
