扎瓦希里晉升成基地組織的新領導人，其實是在反恐分析人士的預料中。他過去是遭擊斃的基地組織領導人本拉登的副手。不過，他繼承的組織跟那個十年前首次受到舉世關注的組織已大不相同，而各界對他是否具備必要的領導能力存有疑慮。
扎瓦希里1984年在埃及出獄後，加入了本拉登的行列，並在四年後見證了基地組織的誕生。
新美國基金會研究基地組織的專家費舍曼說，扎瓦希里接下了這個世界最惡名昭彰的恐怖組織，他的最大優勢是長壽。
費舍曼說， “所有組織在一天的結束時必須知道自己創立的由來，扎瓦希里正是熟悉基地組織的人其中之一。我想那是個真正的優勢。身為一名領導人，他很受到尊敬，他經歷了那個組織所有的考驗和磨難，並在那時被視為本拉登的左右手。所以我想這是他最大的優勢，就是活得夠久。”
但是，他承接的組織和他當初加入、那個在2001年9月11日恐怖攻擊美國而惡名昭彰的組織已經很不一樣了。
*基地組織與加盟組織*
主要的不同點在於基地組織繁衍出的所謂的“加盟組織”。這些在北非和中東的團體打著基地組織的名號，名義上也和原生組織的意識形態相同。但是，中央情報局政治伊斯蘭戰略分析項目的前主任納克勒說，他們在對西方的全球聖戰上不一定有著相同目標。
他說，“所以無論是在也門或也門附近、或索馬里、沙特阿拉伯、北非、伊拉克，他們都會朝地方化發展。他們的議題，意識形態上和基地組織的全球聖戰彈同樣的調，但他們的行動、目標、以及不滿都是地方化的。”
他補充說，地方化的加盟組織同時也受到所謂“阿拉伯之春”中東抗議浪潮的破壞。
他說，“那些抗議推動的議題都很務實，而不是意識形態。所有這些運動都跟極端主義、基地組織沒關係。基地中央失去了它幾年前有過的光榮。這樣來說，扎瓦希里就算再有優勢，還是無法拯救基地組織。”
費舍曼指出，本拉登是個有魅力的煽動者，他的錄像充滿了修辭和富有詩意的詞匯，很能吸引他的追隨者。
他說，“身為基地組織的傳播者需要建立一些誠信，對吧？他們得說，喔，我經歷了戰火、曾經被擊中、我上過前線。他們得用宗教來展示某些程度的效率，以及歷史和宗教知識。就像所有領導人，他們必須有能振奮人心的特質。這些本拉登都做到了。”
納克勒和費舍曼及其他分析人士的說法一樣，他說，扎瓦希里只是他前任的低劣仿效品。
納克勒說，“扎瓦希里上次的講話是對本拉登的悼詞，他試圖模仿本拉登朗誦詩詞。當我看那個演講時，他表現得很僵硬，但本拉登卻能向他的觀眾很有說服力地唸詩、阿拉伯詩和阿拉伯歷史。”
本拉登來自沙特阿拉伯，分析人士說，基地組織裡來自波斯灣地區的阿拉伯人和其他聖戰份子間的關係緊張。波斯灣阿拉伯人提供了大半的資金。費舍曼說，盡管扎瓦希里和本拉登很親密，但他是個引起紛爭的人物。
費舍曼說，“他是那種永遠要更多東西、卻無法擁有的人。那是他受批評的部分原因。他是那種覺得自己應該要當領導人的人，他一直想往上爬，也不放心思在整個組織上，他只關心自己個人的利益，或犧牲其他地方獲取給埃及好處。”
不過分析人士補充說，扎瓦希里很聰明，會從基地組織的錯誤中獲取教訓。在2005年，他警告伊拉克基地組織領導人扎卡維不要過度使用暴力，他說，媒體上的斬首照片會讓公眾不想支持聖戰。扎卡維隔年被美軍打死。但即將卸任的中情局局長帕內塔星期四說，估計伊拉克境內還有一千名基地組織戰士。
