台灣中央流行疫情指揮中心星期五（3月13日）表示，第二梯次從武漢專機返台的361人所做的新冠病毒檢驗全部呈陰性，所有人全都狀況正常，是否進行第二次的檢驗還有待進一步評估。這個檢測結果對台灣一直嚴密進行的疫情防控而言是個好消息。
這361名旅客由台灣的中華航空以及中國大陸的東方航空，先後在10日深夜與11日凌晨從武漢抵達台灣，下機後分別送到3處檢疫所隔離14天。目前他們的檢驗結果全為陰性，而且都沒有發燒等不適現象。
中央流行疫情指揮中心正在考慮是否在他們結束隔離前再進行第二次的檢驗。
這批武漢專機返台旅客在檢疫所內一人居住一室，不能外出。每人每天必須量體溫兩次，如果有發燒，呼吸道症狀或身體不適，立即依照規定送去就醫。檢疫所也為工作人員提供了相關的防護裝備。
台灣的聯合報星期五報導說，由於兩岸對防疫認識有差距，溝通過程波折，導致回台時間延遲，最後能順利回台的人數也少了百名左右。
台灣TVBS報導，只有沒有發燒的人才准許登上這兩架返台包機。據估計目前還有1329名台灣人仍然滯留在湖北省。
第一批武漢包機於2月3日返台，之後兩岸就在應由哪一方派出包機以及檢疫問題爭執不下，兩岸協商過程難以進展，包機遲遲難以成行導致台商家屬進行抗議，還有台商揚言告台灣政府違憲。
