台灣總統蔡英文11日透過臉書表示，沒有政治考量，只有防疫考量，這是台灣政府始終堅持的原則。
蔡英文還指出，接回滯留在湖北的台灣民眾，從前置協商、現場工作，一直到回台檢疫措施，由於兩岸雙方對於防護標準的認知落差和不同作為，在實際執行的過程當中，都顯得一波三折。
蔡英文強調，在防疫優先、弱勢優先的原則下，經歷許多的努力及協調，終於經由第二批包機載回了361位台灣民眾及其家屬。
台灣在野黨國民黨主席江啟臣表示，所有包機必須做好完善準備，過程當中應該尊重專業、對等互惠，不要讓政治阻礙了返鄉之路。
兩岸2月3日執行第一班包機之後，由於出現1名新冠病毒確診病例，再加上雙方對於搭乘人士的優先順序有意見，因此直到本月10日才執行第二批包機，其間曾經引發滯留湖北台灣民眾的不滿。
