台灣外交部說，它“無法理解及接受”美國2個政府官網將原有的中華民國國旗移除，並已就此向美方表達台灣的“嚴正關切”。
台灣媒體報導，美國國務院官網領事事務局及美國貿易代表辦公室(USTR)官網上，原本在“國家與地區”欄目下的台灣網頁上都有青天白日滿地紅的中華民國國旗圖案，但最近這2個網頁原有的國旗圖樣卻已消失不見，造訪美國國務院領務局官網只看到原來在“台灣”字樣旁邊的旗幟圖案位置，只有一個四方形的空白框，網頁顯示最後一次更新日期是去年12月21日。
美國貿易代表辦公室網站的台灣網頁，被列在“中國、蒙古與台灣”欄目下，這個欄目下又細分為中華人民共和國、香港、澳門、蒙古、台灣5個細目，除了台灣只有文字描述而沒有代表圖樣外，其他4個細目都有國旗或代表旗幟的圖案。
不過在美國貿易代表辦公室官網上，點擊“國家與地區”欄目後出現的互動式世界地圖上，點擊台灣地圖的位置出現2013年美台貿易統計數據，這個小框框內仍然看得到中華民國國旗。
《中央社》報導，台灣外交部發言人李憲章說，外交部自去年9月美國國務院官網介紹台灣的頁面不見中華民國國旗後，即就此事與美國政府溝通，過程中美方多次強調美台關係堅實友好，並保證美國對台政策沒有改變，不過台灣方面認為此類事件將影響台灣民眾“對當前台美關係現況的認知”，對美國政府的做法“不僅無法理解及接受”也感到失望。
李憲章說，外交部已向美方表達台灣的嚴正關切，近年來中國利用其“銳實力”在國際組織內限縮台灣國際空間，並在原應屬於自由開放的互聯網領域打壓台灣，“完全無助於兩岸關係的發展。”
美國國務院東亞事務局發言人格蕾絲崔星期三在回覆美國之音的電郵中表示，美國對台政策沒有改變。美國“仍然保證遵守以3個聯合公報及《台灣關係法》為基礎的一個中國政策”。
針對美國官網移除中華民國國旗一事，台灣駐美代表處一位資深官員說，已透過多元管道“向美方表達嚴正立場並要求儘速改善”。
這位官員表示，台美關係維持強勁、穩健進展，雙方的定期與不定期諮商“各種管道暢通無礙”，台灣最近加入美國的“全球入境計劃”及美台《全球合作及訓練架構》(GCTF)都是雙方提升合作層次、擴大互惠領域的具體成果，而美國最近發佈的國家安全戰略重申《台灣關係法》的承諾也是一個明證。
這名資深官員也舉出實例，顯示美台溝通管道暢通，對台灣關切的問題美方也會做出迅速回應，例如最近北京單方面啟用台海中線M503北上航路，影響到飛航安全及區域形勢，美方即時表態，對台灣參與世界衛生組織美國也持續給予協助；針對美國政府網站移除中華民國國旗，以及一些跨國企業因中國施壓修改網頁等，台灣駐美代表高碩泰也在第一時間向美方表達立場，美方也都迅速回應，彼此溝通無礙。
不過這位官員說，美台之間“基於長期默契及若干議題的機敏性質”，對於諮商過程與內容、交涉對象與層級都不便公開透露。
