台灣星期四（2月6日）“斥責”世界衛生組織（WHO）屢次以不當的方式稱呼台灣，指出台灣並非中華人民共和國的一部分。
台灣外交部長吳釗燮2月6日發推文質問世衛組織“你到底有什麼毛病？首先叫我們'中國台灣'，之後又改成'台北'”，“現在又叫我們'台北及周邊地區' 。看清楚，'台灣就是台灣'，並非中華人民共和國的一部分。”
在每天發布的新冠病毒疫情報告中，世衛組織對台灣的稱呼幾經變化。在1月22日的報告中以“中國台灣”稱呼台灣；23日的報告則稱台灣為“台北直轄市”；25日又改成“台北”；2月5日以“台北及周邊地區”來稱呼台灣。
台灣外交部發言人甌江安星期四在記者會上表示，世衛組織“到底要改幾次名字？而且都是錯的！”
她說：“我們是台灣、正式國名是中華民國，不叫台北、台北直轄市或是台北及周邊地區”。她指出，世衛組織用錯誤的名稱矮化台灣是“昧於事實的荒謬行徑”。她說：“台灣就是台灣，台灣絕對不是中華人民共和國的一部分”。她要求世衛組織不要一錯再錯。
甌江安還表示，台灣外交部和駐日內瓦辦事處將持續表達嚴正抗議，要求世衛組織更正對台灣使用的不當稱呼。
另一方面，台灣主管大陸事務的陸委會星期四對中國“以片面政治主張排除台灣參與WHO並發表不實言論”，表達嚴正抗議。
中國國務院台灣事務辦公室負責人2月6日就世衛組織涉台問題發表談話指出，在中國抗擊新冠病毒疫情時，台灣民進黨當局和“台獨”分裂勢力“伺機鼓譟所謂台灣參與世衛組織議題，企圖利用疫情趁火打劫，拓展所謂台灣的'國際空間'”。
該聲明指出，根據聯大、世衛組織有關決議和世衛組織《組織法》，台灣作為中國一部分無權加入世衛組織。而且，民進黨政府上台後，拒不承認“九二共識”，不斷挑戰一個中國原則，“令中國台灣地區參加WHA（世衛大會）的政治基礎不復存在。”聲明還“奉勸”民進黨當局“立即停止在世衛組織涉台問題上的政治盤算和政治操弄”，“'以疫謀獨'是絕不會得逞的”。
台灣陸委會星期四抗議“中共阻撓台灣參與WHO”，指出“北京當局錯誤引述聯大及世衛決議，並與其片面設定的'一中原則'連結，這些政治操作已明顯違反世衛憲章與國際關係原則。”
陸委會的聲明強調“中共當局切勿將政治因素凌駕在人類健康安全之上”，“所謂‘以疫謀獨’乃推卸責任、轉移焦點上綱之舉，無助改善兩岸關係”。
此外，台灣外交部星期四（2月6日）表示，中國向世衛組織提供的台灣新冠病毒確診病例的錯誤信息。
由於中國的反對，台灣不是世衛組織的成員。北京說，台灣是中國的一個省，不是一個國家，中國能在世衛組織充分代表台灣。但是，台灣自稱是一個獨立的國家，其正式名稱叫中華民國。台灣從來不是中華人民共和國的一部分。
星期二，世衛組織修正了台灣報告的確診病例。此前世衛組織稱台灣的確診病例為13例，但實際上台灣當時的確診病例為10例。
星期四，台灣稱目前的確診病例為13例。與此同時，中國星期四公佈的累積確診病例為28018例，死亡累積563例。
