台灣立法委員希望台灣和日本之間能進行軍事的交流與合作，不過，台灣駐日代表謝長廷則表示，有一定的困難。
迂迴處理
台灣駐日代表謝長廷在立法院接受質詢指出，台灣希望日本提供建造潛艦的技術，如果放到檯面上來談，將有一定的困難。
他說：“因為基本上，日本還是在一個中國的大架構下處理外交；大陸和我們的問題。日本在潛艦方面，川崎重工和三菱重工是有這個技術，但是得國家允許，才有可能商業處理。”
謝長廷更進一步指出，儘管台日雙方是特殊的伙伴關係，戰略上也有利害關係，甚至有人形容是命運共同體，但是涉及軍事合作的議題，在沒有外交關係的情況下，就必須透過迂迴的方式處理。
台灣立法院外交及國防委員會星期四邀請駐日代表就台日關係發展現況及展望等議題進行報告並接受質詢。
技術支援
執政黨民進黨立委羅致正表示，希望安倍再度連任，權力更加鞏固之後，台日之間的軍事交流合作也能有所進展。
他說：“我們台灣現在推動國艦國造，國防產業等，我們知道日本在這一塊有其先進的地方，有部分媒體，包括日本媒體也提到，台灣的潛艦國造是有可能，或試圖尋找日本之間的技術支援及合作。”
民進黨立委蔡適應也指出，台灣和日本1972年斷交之後，幾乎沒有任何的軍事交流，但是日本面臨的威脅和台灣類似，生產的一些武器，也都符合台灣的需求，包括戰車、戰鬥機及潛艦等，雙方應該加強合作。
謝長廷代表指出，台日關係最大的挑戰，就是日本沒有所謂的“台灣關係法”，雙方的互動受限於民間關係，不過，彼此則透過堆積木的方式，包括推動國會關係、地方政府、地方議會，民間團體的交流讓彼此的友好關係制度化、穩定化。
化解爭議
在野黨國民黨立委呂玉玲質詢指出，儘管台日關係友好，台灣仍然應該向日本嚴正交涉二戰台籍慰安婦的問題，以及沖之鳥礁所引發的漁權爭議。
謝長廷答复說，曾經和日方提及慰安婦議題，對方也成立亞洲婦女基金會，給與道歉信以及200萬日圓的補償。此外，為了化解漁權爭議，雙方已經定期召開台日海洋事務合作對話會議。
台灣婦女團體則批評，慰安婦受害者需要的不是民進機構的道歉，而是日本政府的正式道歉，台灣政府應該繼續和日本政府進行交涉。
