日本首相安倍晉三與美國總統川普週二（8月29日）上午通過約40分鐘緊急電話，討論了北韓這次發射的意圖和日美的應對措施等，電話後安倍向首相官邸大廳裡的記者們說：“日美完全一致認為，這次北韓發射導彈，是迄今為止不曾有的重大、深刻威脅，要立即要求安理會召開緊急會議，進一步加強對北韓的壓力。”他還說：“川普總統強調'美國百分之百地與同盟國日本站在一起'，今後也希望基於牢固的日美同盟基礎，盡全力徹底地守護國民財產和安全，（日本）和美國、南韓合作，一邊敦促中國、俄羅斯以及國際社會，一邊加強向北韓施壓，必須改變他們的政策。”
安倍週二早上在北韓發射導彈25分鐘後，首次向官邸內的記者們強調，“日本完全把握了整個發射過程”，但指出北韓彈道導彈這次是越過日本領空，與以往不同，對日本的威脅增加，日本有必要顯示更強硬的應對等，發言比以往長並且神態嚴峻。
政府顯嚴峻態度
日本政府週二早上宣稱，當天清晨日本時間5點58分前後北韓在平壤郊外的順安向太平洋發射了一枚彈道導彈，6點05分至07分經飛躍日本北海道的渡島半島和襟裳岬上空，6點12分前後導彈落在距離襟裳岬以東約1180公里的太平洋日本經濟海域之外，由於沒發現彈道導彈或發射部件落在日本領土的傾向，日本沒啟動包括部署在北海道千歲基地裡早已待命的PAC3(愛國者號)導彈防禦系統，但隨後日本自衛隊出動P3C巡邏機，搜索海面可能落下的發射部件。
安倍內閣有關部門大臣週二早上在首相官邸舉行“國家安全保障會議”後，不僅都顯示了比以往緊張的神態，而且到中午為止，包括安倍在內，各大臣不斷在各部門見記者，說明政府確認的最新情報和分析，顯示了日本對這次北韓導彈飛躍日本領空的緊張感和威脅升級。
內閣官房長官菅義偉在會議後的記者會上，通過發表《內閣官房長官聲明》，說明北韓發射彈道導彈違反安理會決議和六方談判的《聯合聲明》，日本“提出最強烈的抗議，並以最強烈語言譴責”。聲明也表示日本將切實執行單獨制裁北韓的措施，並與美國、南韓、中國、俄羅斯合作、進一步確保安理會2371號決議等。外相河野太郎也與記者見面，表示日本已通過駐華使館向北韓駐華使館提出強烈抗議，並正向安理會現任當值主席國埃及要求召開緊急會議討論，但溝通和聯絡還需一點時間等。各大臣隨後不斷在各自部門說明最新狀況，務求把最新信息盡快傳給國民。
時事通信社特別解說委員田崎史郎說，這次日本內閣的應對與以往不同，他說：“第一是安倍內閣應對異常迅速，這可能與安倍前一晚留宿首相官邸旁的首相公邸有關；第二是內閣官房首次以《官房長官聲明》來對北韓發射導彈表示嚴正立場，提升了層次；第三是安倍與川普的電話聯絡迅速，顯示了日美首腦在警戒北韓發射彈道導彈問題上已有默契的同盟一致步調。”
民間無奈與疑問
在北海道，日本週二一早首次對北韓導彈啟動了2004年開發、2007年投入運行的日本警報系統的避難勸告，除了各地鄉村政府無線電喇叭發出“嗚-嗚-“警報外，所有個人手機一起作響並顯示”北韓發射彈道導彈，請盡快躲進堅實建築物或地下設施避難“等勸告。不過據各大日本傳媒記者在北海道的採訪，幾乎沒人避難，札幌有市民說“不知道該去哪兒”、“沒看到異常，所以照常生活”等。北海道漁業協會也稱，正在海上捕撈秋刀魚的一些漁船既沒折返漁港，也沒發出受害報告。但有漁民抱怨說：“這次是沒聽說受害，可是感覺很糟，好像坐以待斃，等那個'萬一'什麼時候來臨”。
東京沒啟動警報系統，大部分市民都是在早上醒來後才獲悉消息，不過東京出發往東北、北陸等幾方向的新幹線週二早上延遲約半小時出發，車站也向顧客發出“因北韓發射彈道導彈，所以需要確認安全、延遲出發”等通知。
顯得有些慌亂的是日本傳媒，尤其是民間電視台，主持人或記者一早顯得有些語無倫次、不得要領，例如有電視台派記者去採訪遠離北海道的關東茨城縣縣民，也有主持人承認自己“太激動” 。
緊盯中國的應對
主流輿論比較普遍質疑，雖然面向日本海為主的各縣都實施過響應警報系統的避難訓練，但這次勸告避難時，從政府發出勸告到北韓導彈落下的2分鐘時間裡，如果真需避難是否來得及。
另一方面，主流傳媒、輿論都緊盯北京的反應。官方電視台NHK在北韓發射後約兩小時就連線駐北京記者，說明中國的反應。當時該記者說：“中國央視引用NHK的報導來說明北韓導彈飛躍日本領空的情況，而現在為止還看不到中國政府的反應。”不少網民吐槽“中國要求日美抑制過分反應，中國到底有沒有要求北韓做什麼”、“日本該忍耐到北韓導彈、核彈頭掉下日本國土嗎”、“安理會有用嗎”等等。
事實上，據日本多個主流傳媒此前一晚紛紛引述南韓國家情報院的報告稱，北韓已在接近中朝邊境的豐溪里核試驗場完成了新一輪核試驗準備，可能在9月9日實施。北韓的彈道導彈、核試驗對包括中國在內的威脅正成為類似家常便飯式的新常態。
