中國國台辦發言人馬曉光在星期二晚上舉行的新聞發佈會上說，台灣選舉是台灣島內的事，國台辦不予評論，也不會對特定候選人發表評論，更不會對假設性問題做出回應。
中國國台辦主任張志軍同一天早些時候被台灣媒體問到，若柯文哲當選台北市長，是否盼柯文哲承認九二共識。張志軍回答，九二共識是兩岸關係的基礎，“希望所有人都能認同九二共識。”
對此，無黨籍台北市長柯文哲在星期二下午的記者會上回應說，他一直都不知道九二共識的內容到底是什麼。
“作為一個台灣國民或台灣的知識份子，我最大的疑慮就是九二共識是什麼？能不能告訴我內容是什麼？我個人一直在反對標籤化的說法。”
不過柯文哲補充說，目前中華民國仍然是他的底線。他表示一旦當選，台北與上海的城市論壇「馬照跑，舞照跳」，雙邊交流的頻度和深度都不會改變。
執政的國民黨星期三發表題為「柯文哲否認九二共識，一旦當選台北市將成兩岸關係大障礙」的電子報，指出面對九二共識的立場，柯文哲還沒當選，就與民進黨「如出一轍」。文章質疑，柯文哲既然說「中華民國是他的底線」，但是不承認九二共識，又何來「中華民國」呢？
國民黨文傳會副主委兼發言人陳以信在接受美國之音採訪時說，拒絕九二共識的柯文哲一旦當選台北市長，不僅會成為兩岸關係的最大負面因素，更會嚴重影響台北的國際地位。
“一個拒絕九二共識的台北市長如何繼續推動台北進行兩岸交流呢？如何繼續維持台北與上海雙城論壇與各項合作呢？又如何讓台北和香港繼續提升雙邊關係呢？難道柯文哲想把台北市長貶成如南部民進黨縣市長一般，未來只能登陸幫台北賣農產品和水果嗎？”
上海國際問題研究院台港澳研究所執行所長嚴安林認為，柯文哲表面無黨籍，實際就是「綠」的，所以若當了市長，上海和台北的城市交流難度會比較大，大陸方面也會重新評估雙城論壇。
南京大學台灣研究所副所長劉相平也表示，一個不認同九二共識的台北市長可能不會影響到兩岸民間交流，但肯定會影響官方交流。
