中國“清華海峽研究院”被懷疑為中共機構在台搞滲透、幫助中國招募科技人才，目前已被台灣方面要求停止其在台機構的運作。
據台灣《自由時報》報導，該研究院於2016年通過自強工業科學基金會向台灣清華大學承租校內辦公場所，設立“清華海峽研究院新竹辦公室”，並成立“兩岸產業促進中心”。報導說，“新竹辦公室”曾於2017年赴大陸考察。
據其官方網站顯示，清華海峽研究院於2015年成立，是由廈門市人民政府、北京清華大學共同成立的按企業方式運作的事業單位。官網說，清華海峽研究院“服務於加快海峽西岸經濟區和'一帶一路'核心區建設”。
台灣陸委會主委邱太三星期一在回應立法委員質詢時表示，今年7月才得知台灣清華大學設立這所辦公室，8月發函給教育部要求釐清問題。他表示，如果確定有關機構違法違規，會依照《兩岸人民關係條例》處置。
台灣《兩岸人民關係條例》有關條款規定：“大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在台灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動。”
台灣教育部表示，11月4日已經函請台灣清華大學校友總會、台灣清華大學，要求調查“新竹辦公室”從事活動的情況，並報告給教育部。
自強基金會董事長盧昆瑞回應說，清華海峽研究院因為疫情原因已有很長一段時間沒有運作，今年底租約到期後也不再續租。
邱太三說，過去政府基於尊重學術，很少調查學術單位是否有被滲透的情況，使得學術單位成為可能的破口，希望藉由此次調查機會，檢視台灣所有大專院校，調查是否有類似違規的情況。
台灣新竹是全球高科技代工產業的重鎮，半導體技術尤其發達，人才集中。而中國大陸的科技企業在美國的出口制裁的製約下，急需半導體技術和人才，以發展本土芯片製造能力。
民進黨籍立委賴瑞龍對台灣民視新聞說，台灣的人才和科技資源近年來被中國背景的機構挖走人才和科技機密的現象屢見不鮮。他說：“過去來竊取從台積電、聯電，各種機密被竊取到中國去，甚至於人才被挖角過去，用完之後再把他丟掉。”
