台灣藍綠政權即將交替，中國對蔡英文主政是否向台獨目標移動有深刻的疑慮，在新總統上任前還在不斷透過各種途徑對民進黨政府施壓喊話。一般認為，蔡英文上任後北京將對她聽其言觀其行，但會注意她的作為是否有去中國化的傾向。
在台灣新政府上任前，中國媒體和涉台學者不斷強調，如果台灣新政府不承認九二共識，將會為台海兩岸關係帶來負面影響。
一些中國學者還提到，北京將非常注意蔡英文是否有“去中國化”和背離一個中國原則的作為，包括她和民進黨政府對教科書問題、公投法及南中國海問題的態度。
不過美國東亞政治學者任雪麗說，台灣各項民調都顯示，人民對台灣的認同感在馬英九總統任內達到最高點，主張台灣獨立的“深綠”和主張與中國統一的‘深藍’力量在台灣人口中都已邊緣化，整個社會已是‘淺綠’，蔡英文上任後必須回應主流民意，在政策上毫不遲疑地實現‘台灣化’。
至於北京將如何在民進黨政府下爭取台灣民心，美國丹佛大學國際研究教授及中美合作中心主任趙穗生說，中國大陸仍然會試圖透過經濟利益來影響台灣民意，因為北京始終認為，實力和利益才是決定民意的最終籌碼。
美國丹佛大學中美合作中心主任趙穗生說：“大陸現在在重新思考如何爭取台灣民意，但他們的考慮可能主要還是從實際利益來想，就是台灣現在經濟上出現很多問題，包括內部有很多問題，如果大陸能從經濟上對台灣有更強的吸引力，對台灣的新生代如果能從他們的就業、將來的生活、他們的思想方法將來能夠有更多的影響的話，台灣民意他們還是能夠爭取過來的。在我講到的實力、利益和民意3點當中，大陸覺得實力和利益是決定民意的最終籌碼。”
對於台灣社會的普遍綠化現象，趙穗生說，北京已察覺到台灣年輕人出現所謂的‘天然獨’現象，正在苦思如何扭轉這種局面。
趙穗生說：“大陸也看到了天然獨，他們也非常擔心這種天然獨，而且我覺得大陸也有很多人在討論和研究如何扭轉這種天然獨。我覺得這是很困難的事情，但我覺得大陸不僅對這有所察覺，而且他們也正在想各種各樣的辦法，否則將來即使用武力它也不可能統一台灣的。”
國台辦發言人馬曉光在5月11日的例行記者會上，就對近來台灣立法院通過民進黨立委提案，撤銷高中“課綱微調”其中涉及的台灣史觀問題表示， 編撰教科書“應該尊重歷史、尊重事實”，並稱這是“‘台獨’分裂勢力”試圖在文化教育領域推進的‘去中國化’分裂活動，“用‘台獨’史觀來毒害台灣青年一代，割斷兩岸同胞的血脈連結”。他說，“他們自以為播下的是所謂‘龍種’，但收獲的只能是‘跳蚤’”。
