正在服刑的前台灣總統陳水扁再次受到檢察官起訴。罪名是非法侵佔大量政府機密文件，搜集政治人物的黑材料。陳水扁方面否認違法，並指稱是當局政治操作。受到波及的政治人物紛紛表態，否認自己有把柄落在陳水扁手裡。
*神秘人物夜訪李登輝*
2003年8月25日晚7點，台北榮總醫院來了一位神秘的人物。為了避開媒體的注意，這個神秘人物用兩個車隊迷惑媒體，在神不知鬼不覺的情況下進入醫院，和一個重要的病人舉行了15分鍾的會面。
後來，媒體才得知，這個“神秘人物”就是當時的總統陳水扁，而那位“病人”是前總統李登輝，他當時在榮總剛剛做完心臟手術。這兩個人一個被媒體稱作 “台獨之父”, 一個被稱為“台獨之子”，他們兩人的關係曾被形容為“形同父子”。
這是台灣媒體對9年前發生的“扁李會”所做的描述。這次會面名義上是“探視”，但雙方談話內容直到數年後才見諸報端。《聯合報》的一篇報道說，陳水扁見李登輝後，給李看了一份名單，上面有兩個名字，一個是“陳國勝”，另外一個是“李忠仁”。陳水扁告訴李登輝他要辦這兩個人，並問李認不認識他們。李登輝聽後氣炸，認為陳水扁是“假探病，真恐嚇”。會見不歡而散。
當時台灣檢調部門正在偵辦國安密帳腐敗案和新瑞都官商勾結融資案。陳水扁認為“李忠仁”和“陳國勝”是受李登輝指使把10億台幣匯往海外的經辦人。
*起訴書1200頁，台史最厚*
馬英九政府的特偵組檢查官在5月21日就陳水扁非法侵佔政府機密文件，搜集政界要員的不利證據向法院提出起訴。檢察官說，陳水扁那次探視李登輝就是一個間接的證據，說明他使用政府資源搜集政治人物的不利證據以達到要挾和控制對手的目的。
特偵組向法院遞交的起訴書分裝為三大冊，12010頁、1212750字，是台灣歷史上最長的一份起訴書。
*黑材料涉及多位政界要員*
據台灣各主要媒體報道，檢察官說，陳水扁在離任前最後幾個星期以撰寫回憶錄的名義搜集李登輝等許多政界重要人物的黑材料，涉嫌把102箱、17275件機密文件搬到扁辦，加以侵佔、隱匿。這些文件中，不僅有李登輝的材料，也有親民黨主席宋楚瑜，國民黨前名譽主席連戰等人的材料。
特偵組表示，由於整個案子涉及國家機密，特偵組沒有公布起訴書，將來也不會進行公開審理。
不過，檢察官說，陳水扁在2008年8月14日開記者會回應洗錢案的時候爆料宋楚瑜在興票案中匯往海外3.8億元新台幣，李登輝也在新瑞都案中用人頭匯款海外10億台幣。檢察官說，這些黑材料還涉及連戰、馬英九等政治人物。不過，檢察官沒有透露具體內容。
但是，根據台灣媒體的報道，涉及李登輝的還有奉天專案孽息統計表；馬英九在擔任台北市長期間涉及的特別費支出、政治獻金；民進黨大佬，前行政院院長謝長廷利用親友人頭戶匯款十幾億台幣到海外；宋楚瑜在2005年5月在美國密會大陸國台辦主任陳雲林。
*所涉要員迅速回應*
受扁案波及的各方都立即公開表態。據《自由時報》報道，連戰辦公室主任丁遠超週一表示，連戰經過大選的嚴格檢查，坦坦蕩蕩，沒有甚麼不可告人之處。陳水扁搜集政治人物黑資料的做法，既不道德，也不會被社會接受。
李登輝辦公室主任王燕軍說，“不知道是甚麼資料，要看過以後才能回應”。李登輝向來尊重司法，不會針對司法個案做出回應。
宋楚瑜所在的親民黨吳昆玉表示, "宋楚瑜所涉案子都已經被判無罪，錢的來龍去脈都已經查清楚了，那來的'黑資料' ? 對於陳水扁這樣的品性道德的人，會做出這樣的事，搜集這樣的資料，'我們一點都不意外' "。
*扁稱：不服*
陳水扁週一也發表聲明，強調他持有的公文、文書，絕對不涉及違法。他說，卸任總統辦公室屬於公務機關，可合法持有卸任總統任內的公文，“何來違法侵佔、泄漏機密？”陳水扁表示，對特偵組的“卑劣手段”實難甘服。
特偵組主任陳宏達說，陳水扁觸犯刑法侵佔公物、隱匿公務員職掌文書及國家機密保護法等三項罪名，建請法院依量刑標准從重論處。
不過，法律專家認為，依據台灣法律，陳水扁所涉案件，不論判決刑度輕重，合併執行上限就是20年。陳水扁已經獲17年半的刑期，所以，如果侵佔機密文件罪名成立，最多只能夠給深水扁增加兩年半的刑期。
法律規定，這項罪名的刑期是五年，最重是七年。
