馬來西亞外長希沙慕丁星期二（6月1日）晚間表示，馬來西亞外交部將向中國發出外交抗議照會，並將召見中國大使，要求對16架中國軍機“侵犯馬來西亞領空和主權的行為”作出解釋。
馬來西亞空軍星期一表示，發現中國飛機一度飛入婆羅洲島（Borneo）沙撈越州（Sarawak）海岸60海裡（約110公里）的範圍內，馬來西亞空軍部署戰機對中國飛機進行了攔截。
中國飛機被確認為伊爾-76型和運-20型運輸機，飛機的飛行高度一直停留在約7000米或以上。
馬來西亞稱中國軍機事件是“對國家主權和飛行安全的嚴重威脅”。
馬來西亞外長希沙慕丁在聲明中說:“馬來西亞的立場很明確，與任何國家建立友好外交關係並不意味著我們會在國家安全上妥協。”
希沙慕丁還表示，將向中國外長轉達馬來西亞對此事的嚴重關切。
中國方面為這一行動進行了辯護。中國駐馬來西亞大使館稱中國空軍這次行動是例行飛行訓練，不針對任何國家。中國軍機在訓練期間沒有進入任何國家領空，且嚴格遵守了有關法律。
中國外交部發言人汪文斌星期三也表示，此次行動是中國空軍在南中國海（中國稱南海）斯普拉特利群島（中國稱南沙群島）南部海域開展的例行訓練活動，不針對任何國家。
他還說：“訓練期間，中國空軍嚴格遵守國際法規定，沒有進入他國領空。中方已就此與馬方進行了溝通。”
南中國海蘊藏著豐富的漁業資源及海底燃料資源。馬來西亞、菲律賓和越南等國均是南中國海的主權聲索國，而中國更是宣稱對南中國海幾乎全部海域擁有主權。中國近年來在南中國海加緊造島的同時，還不斷在這片海域部署海警和漁船以加強巡邏力度，引起了國際社會的關注與擔憂。
除此次中國軍機事件外，中馬兩國去年也曾在這片海域發生糾紛。隸屬美國智庫戰略與國際研究中心（CSIS）的亞洲海事透明倡議（AMTI）表示，去年年底，中國海岸警衛隊5402號船停泊在婆羅洲以北海域的盧康尼亞淺灘（Luconia Shoals）附近，馬來西亞稱該海域屬於其海上專屬經濟區。這艘中國艦船先後騷擾了一個馬來西亞鑽井平台和一些補給艦，當時這些補給艦在距離馬來西亞海岸44海裡（81.5公里）的地方作業。
美聯社報導說，馬來西亞稱中國海警和海軍船隻在2016年至2019年期間就曾89次入侵南中國海的馬來西亞水域。馬來西亞已向中國提出6次外交抗議。
另一方面菲律賓政府監督有爭議地區的機構3月發現，在惠特森礁（Whitsun Reef）周邊海域停泊了200多艘中國船隻。菲律賓政府認為這些漁船上的人員是民兵。惠特森礁位於屬於菲律賓宣布的專屬經濟區內。菲律賓就這一事件召見了中國駐菲大使，並表達了“極度不滿”。
