在新冠疫情全球蔓延之際，台灣對世衛組織（WHO)仍然將台灣排之於外感到不滿。台灣外交部星期一（3月30日）表示，世衛組織沒有把台灣提供的台灣防範病毒措施的信息與會員國分享。台灣外交部長吳釗燮星期一在外交部的推特上更加大力度，抱怨世衛組織對台灣的態度。
中國把台灣視為其領土的一部分，中國一再施壓，不准台灣參加世衛組織和其他國家機構。世衛組織在其冠狀病毒報告中把台灣列為中國的一部分，稱台灣為“台北”，後來改稱為“台北及周邊地區”。
台灣多次表示，世衛組織屈從於中國壓力，在新冠病毒疫情爆發後不顧台灣人民的生命，還在算計政治遊戲，即使台灣的防疫做法贏得國內外眾多讚揚，不少國家甚至表示應該學習台灣抗疫情的做法。但是世衛組織和中國都說，台灣已經得到了所需的協助。
台灣對世衛組織的不滿充分顯示在外交部長28日在外交部官網的推文中。他寫說：“哇！在世衛組織竟然連'台灣'這個字都不能提？在應付這場流行病時，你應該把政治擺在一邊。” 推文中還告訴世衛組織說，有450多篇報導和40多個國家對台灣至今應對新冠病毒疫情的做法表示肯定。文中說，這些報導並沒有把台灣當作中國的一部分。
吳釗燮的推文附帶了香港電台（RTHK)記者唐若韞同一天對世衛組織助理總幹事艾爾沃德（Bruce Aylward) 的視頻採訪。訪問中記者問他世衛組織是否再考慮台灣的會員資格時，艾爾沃德停頓了好幾秒，接著說他聽不到聲音，香港電台記者再重複提問，艾爾沃德就要求跳過這個問題，當記者說“對談到台灣真的很好奇”，連線就突然中斷。香港電台再度與艾爾沃德接通連線時，記者再請他評論台灣抗疫情表現，他沒有提到台灣，而是回應說：“已經討論過中國的狀況，中國各地都做得很不錯。”然後艾爾沃德隨即主動結束這次訪問。
紐約時報星期一則以“世衛組織避談台灣引爭議”為題，報導了香港電台對艾爾沃德的採訪。
星期日(3月 29日) 世衛組織罕見的發布一份有關台灣的聲明，說台灣加入世衛組織的問題取決於世衛組織會員國，而不是世衛組織工作人員。
聲明說，世衛組織密切關注台灣的疫情發展，正在與目前新冠病毒流行病的所有衛生當局密切合作，包括台灣的衛生專家。聲明還說，台灣的病例數量相對於人口來說很低，世衛組織繼續密切關注事態發展，正在吸取包括台灣在內的所有領域的經驗教訓，以便在全球分享最佳做法。
作為回應，台灣外交部發言人歐安江說，世衛組織需要“繼續檢討和改進一些基於政治考慮而對台灣採取的不合理限制。
台灣由於及早做到檢測與控制，目前疫情的死亡和確診案例相對非常低。星期一（3月30日）台灣的新冠病毒死亡案例總數為5例，確診306例。