科學家擴展DNA“參考指南”以反映人類多樣性

  • 美國之音

DNA測序儀的輸出顯示。

二十年來,科學家們一直在將他們研究的每個人的全套DNA與一個模板進行比較,該模板主要依賴於一個被親切地稱為“布法羅人”的遺傳物質。

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科學家擴展DNA“參考指南”以反映人類多樣性

但他們早就知道這一用於比較的模板--或者說“參考基因組”--具有嚴重的局限性,因為它不能反映人類多樣性的範圍。

加州大學聖克魯斯分校的基因組學專家本尼迪克特·帕滕(Benedict Paten)說:“我們需要真正深入了解人類之間的多樣性和差異。我們漏掉了很多。”

現在,科學家們正在建立一個更加多樣化的參考體系,他們稱之為“泛基因組”("pangenome”),到目前為止,它包括來自世界各地的47人的遺傳物質。這是週三發表在《自然》(Nature)和《自然生物技術》(Nature Biotechnology)雜誌上的四項研究的主題。科學家們表示,這個“泛基因組”已經在教會他們關於健康和疾病的新知識,並且應該會幫助患者的未來。

帕滕說,這一新的參考應該可以幫助科學家更多地了解什麼是正常的,什麼不是。他說:“只有了解常見的變異是什麼樣子,我們才能說,‘哦,這是影響這個基因的大結構變異?沒什麼可擔心的。’”

基因組是建立和維持人類身體的指令集,專家將“泛基因組”定義為許多人的全基因組序列的集合,旨在代表人類的遺傳多樣性。“泛基因組”不是一個複合體,而是一個集合;科學家將其描述為基因組疊加而成的集合,相比之下,較老的單一參考基因組就像是一條線。

人類泛基因組計劃(Human Pangenome Project)建立在對完整人類基因組進行首次測序的基礎上,該項目在二十多年前大體完成,並於去年全部完成。帕滕是泛基因組研究的作者和項目負責人,他說首個參考基因組的70%來自一位非洲裔美國人,他是非洲人和歐洲人的混血,在1997年回應了布法羅一份報紙上的志願者廣告。剩下的30%來自約20個人的基因混合。

新的“泛基因組”的遺傳物質來自24個有非洲血統的人,16個人來自美洲和加勒比地區的人,6個來自亞洲,1個人來自歐洲。

儘管任何兩個人的基因組都有超過99%相同,但帕滕說,“正是這些差異才是遺傳學和基因組學研究和理解的重點。”

患者可能需要一段時間才能從研究中看到具體的好處。但科學家們表示,新的發現最終會使基因檢測更加準確,能夠增進藥物發明並支持個性化醫療。個性化醫療使用一個人獨特的基因圖譜來指導預防、診斷和治療疾病的決策。

哥倫比亞大學的臨床遺傳學專家鍾雅詩(Wendy Chung)博士說,“泛基因組計劃更準確地代表了來自世界各地的人的基因組”,應該可以幫助醫生更好地診斷遺傳病症。鍾雅詩並沒有親自參與這項研究。

如果某人的某個基因發生變異,則可以將其與參考集合進行比較。

研究作者之一、華盛頓大學(University of Washington)的埃文·艾希勒(Evan Eichler)表示,研究人員還將更多地了解那些已經與疾病有關的的基因,例如與非裔美國人心血管疾病相關的基因。

他說,“現在我們實際上可以對該基因進行完整測序,並且我們可以了解該基因的變異,我們可以開始回到無法解釋的冠心病患者病例”,並根據新知識來研究它們。

明尼蘇達大學植物遺傳學專家坎迪斯·赫希(Candice Hirsch)沒有參與這項研究,但一直密切關注這項工作,她說她期望從中獲得許多發現。她說,直到現在,“我們真的僅僅能夠觸及疾病背後的遺傳學的表面。”

領導這項研究的團隊是人類基因組參考計劃(Human Genome Reference Program)的一部分,該計劃由美國國家衛生研究院(U.S. National Institutes of Health)的一個部門資助。

該團隊正在進一步增加參考基因組,目標是到明年年中獲得350人的基因序列。科學家們還希望與國際夥伴開展更多合作,包括那些關注原住民的合作夥伴。

帕滕說:“我們有一場持久戰要打。”

(本文依據了美聯社的報導。)