台灣和菲律賓政府同意就近來的漁事糾紛展開平行調查，台灣在野黨立委則質疑，此舉無法釐清事實的真相。
*調查結果各說各話*
台灣在野的民進黨立委蔡煌瑯星期一在立法院質詢時表示，台灣和菲律賓司法機關所展開的平行調查，並無法釐清事實的真相。
蔡煌瑯說：“平行調查就是兩條平行線啊!你說你的，我說我的，到時調查出來的結果就是各說各話。”
蔡煌瑯委員還說，台灣政府不能接受菲律賓提出的平行調查，而應該堅持雙方共同合作進行調查。
*雙方討論提出結論*
台灣法務部次長陳明堂答詢指出，未來的調查報告，一定要在雙方討論之後的情況下才會提出。
菲律賓國家調查局幹員組成的8人調查團星期一抵達台灣，而台灣的調查團也飛往菲國展開相關的工作。
台灣的司法人員日前曾經單方面前往菲律賓進行調查，卻在菲方不願意配合的情況下無功而返。
*首先談判保護漁民*
執政的國民黨立委林郁方表示，就算台菲同意展開漁業談判，也要花很長的一段時間協商才能達成共識，目前應該先就保護漁民的問題進行談判，台灣外交部長林永樂也答覆表示同意。
林郁方說：“所以我認為去談一些海上秩序的維護問題，海上執法的問題，我覺得要談的是這個部分。”
林永樂說：“目前我們的重點是確保漁民的作業安全。”
林永樂還強調，將和菲方嚴正交涉，讓菲國政府了解問題的嚴重性，並一步步的推動相關重點工作包括要求菲方道歉、調查、懲兇、賠償以及展開雙方的漁業會談。
民進黨立委蔡煌瑯還質疑，未來在整個事件的司法調查工作完成之後，菲律賓政府是否有可能向中國政府道歉?
*一中原則引發反彈*
林永樂答覆指出，台灣和菲律賓之間有一定的談判架構，不會發生這種情形，台灣政府也會全力阻止。
菲律賓總統阿基諾曾經表示，要以一個中國的原則處理台菲之間的漁事糾紛，這番談話在台灣引發了很大的反彈。
5月9號，菲律賓公務船在南中國海和台灣經濟利益重疊的海域，射殺了一名台灣漁民，由於不滿菲律賓道歉的誠意不足，台灣不僅召回了駐菲國代表，更宣布了最嚴厲的經濟制裁措施。
台灣外交部曾經召開國際記者會，指責菲律賓在這起事件當中冷血殺人。菲律賓方面則表示，並非蓄意打死台灣的漁民。