台灣外交部表示，美國牛肉進口台灣的議題非常棘手，希望美牛議題和其他議題能夠脫勾處理，以免影響雙方全面關係。
台灣執政的國民黨立委賴士葆星期五在立法院質詢時指出，據他了解，美方覺得台灣和中國大陸簽署兩岸經濟協議(ECFA)曾經引發社會不同的意見，但是最後仍然完成了簽署，為何台灣政府卻無法順利解決美國牛肉的爭議？
台灣行政院長吳敦義表示，台灣政府對於洽簽ECFA，態度謹慎，堅持原則，對於美國牛肉進口台灣的議題也是一樣。
吳敦義說：“美牛只要沒有瘦肉精就OK。”
賴士葆立委質問：“那怎麼說服他不要瘦肉精？你要說服他。”
吳敦義回答說：“我們歡迎沒有瘦肉精的美國牛肉。”
賴士葆委員還表示，相當憂慮美國牛肉的議題，將使得美台貿易暨投資架構協定(TIFA)的咨商進程因此無限期的停擺。
台灣經濟部長施顏祥答覆指出，美國的确對於台灣處理美牛議題的方式高度不滿，儘管美台TIFA的咨商目前是暫停狀態，不過，雙方各種溝通渠道仍然非常暢通。
*美方讓步空間不大*
台灣外交部次長沈呂巡日前在立法院接受質詢時坦承，美方非常在意牛肉問題，美方可以讓步的空間不大。他說：“牛肉問題老實講不容易解決，我們希望做的就是說，其他問題不要受牛肉影響，例如免簽證等等。”
沈呂巡還指出，美牛的議題真非常棘手，外交部將努力讓美牛議題和其他議題脫勾處理，以免影響雙方全面的關係。
台灣總統馬英九日前接見美國哈佛大學亞洲法律協會代表團時表示，很高興能和美方恢復高層的互信，但是雙方仍有許多問題必須面對，包括採購美國F-16C/D型戰機、美國牛肉、獲得免簽證待遇和簽訂引渡協定等。
*相互尊重討論問題*
馬英九指出，現在雙方能在相互了解、相互尊重的情況下進行相關問題的討論，他感到非常欣慰。
此外，為了協助美國公民從日本撤離，美國在台協會從星期五開始暫停入境美國的簽證服務。美國在台協會文化新聞組組長裴士蓮表示，這是一個單純的緊急情況，不牽涉任何政治議題。