紐約時報網站上進行了一個關於“美國學者要如何抗拒中國的控制？”的討論 ，當中指出當北京對學術加以禁錮的時候，美國大學卻不抗拒。該報質疑﹐在與中國的交流越來越越頻繁之際，美國大學要如何維持本身的學術自由呢﹖討論區當中有幾位美中學者發表了正反意見。
喬治城大學外交學院教授詹姆斯.米爾沃德（James Millward）以“虛幻的兩難”（A false dilemma）為題，認為阻礙美國學者們學術觸角的，不是中國的學術夥伴，而是中國官員，而這兩者不可混為一談。
*政治力介入，黑名單人人自危*
但米爾沃德也指出兩名研究天安門事件的美國學者黎安友（Andrew Nathan）以及林培瑞（Perry Link），就被列入被中國禁止入境人士的黑名單。而包括米爾沃德在內的13名學者，也由於在2004年合作出版的一本書《新疆：中國的穆斯林邊陲》，也被列入中國禁止入境人士的黑名單。
馬里蘭大學的拉里.品川（Larry Shinagawa）教授對美國之音述說他對於美中學術交流的觀察：
品川教授說：“在中國大學與美國大學之間，雙方就教授們的意圖，以及究竟打算要交流些甚麼，都有著許多落差。到底是知識上的交換，還是金錢關係？這些全都大有問題。很多時候，在各方面，學術自由變得很困難。”
品川教授提到在美國廣為設立的孔子學院，雖然名義上從事民間的中文教學，其實背後就是中國政府支持設立的，誰也無法保證沒有其他動機。而美國的十萬強計畫（100,000 Strong Initiative），要在4年內送10萬名美國學生到中國學習，也是由政府資助的計畫。他認為學術交流若有政治力介入，就很難完全自由。
高露潔大學（Colgate University）校長杰弗里.赫布斯特（Jeffery Herbst）在紐約時報上表示，當他在俄亥俄州的邁阿密大學擔任教務長時，曾經為了在該校設立孔子學院，而親自到北京去洽談。但他同時也前往印度達蘭薩拉，親自邀請達賴喇嘛訪美，並且授與達賴喇嘛榮譽學位。赫布斯特認為與中國交流和堅持學術自由並不衝突，美國大學應把持本身的學術價值，並盡力幫助受到中國打壓的學者。
*美國學者研究無門，中國說辭自相矛盾*
品川教授進一步向美國之音說明美中學者面臨的困境﹐他說：“學術自由多次的被問題化。所以如果美國學者到中國去，他們不被允許說某些東西，也無法參加某些會議，也不能討論某些議題。不過要來美國的中國學者也是一樣，他們需要通過安全查核，有些人也來不了。”
而每當某些西方學者評論中國政府在某些地區進行的某些措施時，中國政府也經常以“你沒有實地去過”為藉口，來反駁西方學者的意見，但很多時候，中國根本拒絕核發簽證給那些學者，甚至他們到了中國，也拒絕讓他們前往研究的地區。
北京中國藏學研究中心當代研究所所長仁真洛色（Rigzel Losel）也在紐約時報上發表意見。他質疑有些西方學者到中國做研究，只是為了證明自己的觀點是對的。不過仁真洛色只提到學術客觀性的問題，卻沒有解釋，為甚麼持不同意見的學者，就該被拒發簽證。
現任的藏人行政中央首席部長洛桑森格也曾說過，他幾年前到北京與北大和民族大學進行學術交流時，曾要求到拉薩一遊，但遭中國政府拒絕。
即使在中國境內，一些曾經受邀上美國之音的節目或是接受電話採訪的中國學者，也經常因為官方種種阻礙，而“不方便受訪”，或甚至被迫取消已經安排好的訪問。
*中國壓力導致美國學者自我審查*
品川教授認為，中國這樣的做法，對許多學者心理造成壓力﹐他說：“講到中國的部分，一定有某些學者被列在黑名單上。他們可能是研究少數民族議題的，或研究中國污染問題的學者，他們可能被中國官員列入黑名單。想像你正在發展整個學術生涯，而你的研究對象就是中國，卻不被允許進入中國，這將十分的困難。所以有時候你研究的範圍十分受到限制，並且也無法如你所意的，真實寫出。”
品川教授認為，美國大學雖然知道這種情況，但無可奈何﹐他說：“我想大多數的大學了解這些教授們有些時候所面臨的自我審查的政治問題。教授們為了要延續他們的學術生涯，就會說這些議題我不能研究，還有某些議題我不應該研究’。”
喬治城大學的米爾沃德教授指出，在他的簽證被中國政府拒絕之後，喬治城大學並沒有盡力幫助他。針對這樣學術自由受到鉗制的現象，品川教授認為目前尚未看到解決。
品川教授說：“我不認為雙方都在努力解決這個問題。我想兩邊的大學都在迴避這個問題。”
密西根大學中國研究中心的主任瑪麗.加拉格爾（Mary Gallagher）在紐約時報的討論區中指出，其實有些中國大學希望學習西方大學的模式，並期待未來中國領導人也能夠尊重學術自由。而美國大學在急於和中國合作的同時，也必須要求學術自由的價值要徹底落實，而不是中國官方“原則保證”就可以。
紐約市立大學的孫雁博士研究中國的少數民族政治，而她說一趟新疆之旅，反而讓她更了解雙方的立場，化解雙方的不信任，她呼籲中國不要擔心讓西方學者進入中國，即使是敏感地區。美國學者章家敦（Gordon Chang）則認為，這是學術與政治的角力，而美國大學是贏不了中國共產黨的。
*乾脆棄中轉台*
有些美國學者，在中國受阻之後，扭轉研究方向。如麻省理工學院（MIT）的彼得.柏杜（Peter Perdue）教授，在中國拒發簽證給他之後，放棄北京，轉而在2007年到台灣做研究。
不過不僅美國大學，台灣的大學也出現為了討好中國政府，而自我設限的現象，如今年“國立台灣師範大學”在招收大陸學生的文宣品上，自動將”國立”兩字去掉，被民進黨立委批評自我矮化。