台灣行政院對中國大陸迄今尚未向台灣或家屬通報有關失聯的李明哲的具體情況，表示高度遺憾，呼籲大陸方面盡快安排家屬探視及律師會見，維護李明哲的正當權益。
行政院發言人徐國勇星期四在院會後的記者會上表示了對失聯12天的非政府組織工作者李明哲遭中國當局關押的關注。
徐國勇說：“我們行政院要必須表示，這段期間以來，經過我們的政府以及民間不斷的對中國大陸提出要求，但中國大陸方面到現在為止對我方的家屬或我方的政府沒有進行任何通報，也沒有對李明哲先生失聯事件提出具體說明，政府在這要表達高度遺憾。”
星期三較早時，中國國台辦發言人馬曉光說，台灣居民李明哲因涉嫌從事危害國家安全活動，已接受有關部門調查。馬曉光說，對李明哲的調查依司法程序在處理。
台灣民進黨立法院黨團立委星期三上午召開記者會，要求中國立即釋放李明哲。民進黨立法院黨團幹事長葉宜津說，中國當局限制了李明哲的人身自由，卻沒有向台灣方面通報，違反了兩岸司法互助協議。
她說：“（中國）應該要確保當事人的人權，應該要確保當事人可以請求律師協助的權利。應該要確保當事人家屬的探視權。”
葉宜津說，李明哲是人權工作者的志工，希望中國能確保李明哲的人權。同時她也希望國內外媒體關注李明哲的案子。
在中國官方證實李明哲被中國當局關押之後，李明哲的妻子和民間團體在台灣立法院舉行了回應中國國台辦的記者會。
李明哲的妻子李淨瑜表示，他丈夫作為一個人權工作者，透過網絡跟中國民間人士分享台灣的民主經驗。她說，一個合法入境中國的台灣人不應該被任意拘禁9天，卻不通知家屬，或有律師協助。
李淨瑜說：“我非常清楚地知道，李明哲目前所面臨的煎熬。台灣曾走過白色恐怖的威權歷史，我們有過傷痛，請中國政府不要再喚起台灣人民對傷痕歷史記憶的痛楚。”
李淨瑜和民間團體的聲明要求中國政府，立即公開李明哲的關押地點；按照國際人權標準對其進行公證審判；立即釋放李明哲；確保李明哲不受酷刑虐待；要求家屬和律師會見並給予適當醫療照顧。
台灣行政院發言人徐國勇說，台灣社會高度關注本案的發展及是否受到公正處理。他呼籲中國大陸具體回應台灣方面及家屬的訴求，維護李明哲的正當權益，迅速與台灣方面溝通。
徐國勇還強調，自從李明哲本月19日失聯後，台灣政府就通過各種管道積極聯繫協助尋找，並掌握相關的訊息。他說，當局的各項協助處理都以李明哲的人身安危及權益為最優先考量，沒有外界所說的“不積極的問題”。
中國2017年1月1日開始正式實施《境外非政府組織管理法》。根據第四十七條的規定，任何涉嫌“危害國家安全，顛覆政權，分裂國家，破壞國家統一”的非政府組織活動，將被要求停止或驅逐出境。非政府組織人員在被當局認定“尚不構成犯罪”的情況下，最多可以被拘留15天，境外人士可以被驅逐出境。
今年42歲的台北文山社區大學員工李明哲今年3月19日，從台北乘飛機經澳門進入中國大陸。此後便與家人失去聯繫。在李明哲失蹤11天後，中國官方終於出面證實李明哲已經在大陸被關押，接受調查。
