2016年台灣選舉除了總統外還包括立法委員選舉。長期以來被一些人稱為台灣社會亂象之源的立法院也面臨公民團體的改革呼聲，這次選舉中，國會改革成為許多新成立政黨的主要政見，希望能終結立法院議事不彰、朝野密室協商等被人詬病的問題。
台灣指標封關民調對新總統應優先處理的議題，經濟與就業之後就是國會改革，這個議題的排序還在兩岸關係之前。
由於台灣兩大主要政黨國民黨和民進黨長期以來的政治鬥爭，立法院許多重要民生法案在朝野協商機制下大約有一半無疾而終，一些立法委員與財團掛鉤，這些問題讓一般民眾對兩黨產生不信任，他們對立法院議事成效不彰感到失望，這也是一些公民團體決定成立政黨的原因。
斯坦福大學民主發展與法治中心台灣民主項目研究員祁凱立博士指出，馬英九總統第一任時國民黨在立法院擁有72%席次，第二任也有57%的多數席次，但在國民黨佔多數優勢的情形下，馬英九政府兩個任期內提出的重大法案平均只有大約兩成能夠成功地通過立法院，這個比例和之前民進黨的陳水扁執政時期，面對一個由國民黨掌控的立法院時通過法案的比例相差不多。
斯坦福大學台灣研究項目研究員祁凱立說﹕“立法院的委員會召集委員經常只是由兩三個人輪流擔任，有時擔任召集委員的是反對黨，沒有像美國這種資深議員制度，所以可能下一次開會輪到民進黨立委擔任召集委員，他們審批的可能是被政府列為重要的優先法案，這個時候他們就可以控制法案的審批過程。而更為關鍵的是立法院的程序委員會主席也是輪流制，所以國民黨對法案的審議沒有連貫性的控制。”
除了委員會召集委員僅由少數人輪流擔任的缺點外，祁凱立認為，台灣立法院有一個非常獨特的運作方式，就是黨團協商機制，它也是引發爭議及議事成效不彰的主要原因。
祁凱立說﹕“它是一個最高權力的委員會，只要遇到有衝突的法案，就會被送到這個超黨派委員會，叫做朝野協商或政黨協商，這個委員會在院長辦公室裡進行秘密會議，立法院院長是王金平，由他召開會議邀集所有黨團代表一起開會，但是在台灣的立法院內只要有三名立委就可以成立黨團。”
正由於只要少數幾人就可以決定法案是否提交委員會審議的命運，祁凱立認為，選後如果民進黨取得立法院多數，將來由誰出任院長、朝野協商機制是否還會存在都是未知數，不過如果這個機制不改變，就算總統是民進黨的蔡英文，還是很可能在立法院面臨相同的問題。
台灣公民監督國會聯盟12月舉辦了一場針對國會改革電視辯論會，包括民進黨、親民黨、台聯黨、時代力量、民國黨、綠黨社民黨聯盟和自由台灣黨都參與辯論，出席的政黨提出的國會改革方案包括正副議長中立、廢除程序委員會、議事公開及聽證調查權的行使等。不過執政的國民黨缺席沒有參加，主辦辯論的“公民監督國會聯盟”說，它對國民黨倡言改革卻“躲避國會改革辯論”感到遺憾。
