經過一個多月來台海兩岸的政治交手，因新冠肺炎疫情滯留在湖北的第二批台灣公民終於在台北時間星期三凌晨搭乘包機返回台灣。這是自2月3日第一批200多名台灣公民撤離武漢之後的第2批，過程中也引發雙方的口水戰。分析人士說，這個例子顯示北京把對台灣施壓當作最重要事項，而新冠病毒也讓台灣對中國的不信任再度強化。
361位台灣公民在醫護人員陪同下3月11日分別搭乘台灣的中華航空公司和中國的東方航空公司班機在當天凌成1點多和4點多返回台灣，下機後經過檢疫並穿上隔離衣之後便由專車送至檢疫所入住，進行14天的隔離過程。
自第一批包機帶回與台灣政府名單不符的人士後，台灣方面對於第2批包機的安排一開始即提出必須符合“弱勢優先”、“防疫優先”的原則，尤其在第一批包機中有人返台後確診新冠肺炎，台北即非常堅持必須由其防疫人員到武漢做登機前的篩檢，不過中國卻批評台灣政府是在“政治操弄”，藉故拖延台胞返鄉。
《彭博社》星期二在一篇關於兩岸包機爭議的報導中，援引美國戴維森學院政治學者任雪麗(Shelley Rigger)的話說，撤離台灣公民遭到延誤”是一個例子，顯示北京決意要把台灣盡可能壓製到最大程度，這對他們真的是一個最優先事項。當他們正面對這麼多事情的此刻，以及他們的政府機構已被拉緊到最大極限的時候，他們竟然還有時間來專注於如何讓台灣不好過。”
對於兩岸關於撤離武漢台人的包機爭議，前美國國務院東亞事務局台灣政策辦公室主任葛天豪(David Keegan)在接受美國之音採訪時說，新冠病毒疫情再次“強化了所有因薩斯(SARS)所引發的不信任”。
他說，2003年台灣即不能相信中國提供的關於薩斯疫情的信息，中國當時也不允許台灣與世界衛生組織合作，如今到了2020年又發生同樣的問題，這才使得台灣會有現在的反應，也因為如此“全世界各個角落對台灣從世衛組織獲取信息與管道的同情和支持都在增加，因為你可以看到，現在他們有一個具體的例證顯示為何這件事情是如此的重要。 ”
對於台北與北京之間的相互指責，目前在約翰霍普金斯大學高等國際研究所擔任中國研究講師的葛天豪說，“我的觀察是，在一連串關於新冠病毒的事件中，我們幾乎從來沒有從中國大陸得到最新的、即時的，以及可靠的信息。所以我不會非常認真的看待他們所宣稱的，是台灣在阻撓或不合作。”
曾任美國在台協會台北辦事處副處長的葛天豪說，他“幾乎可以確定國台辦根本不知道武漢發生了什麼事，直到一切都太遲”，而當他們知道以後，“我也無法被說服說，他們有把台灣人民的最佳利益當一回事。”
中國官方《新華社》星期三發布湖北台辦人員對湖北台胞搭乘臨時航班返台的說法。
不具名的“湖北省台辦負責人”說，這次運送台胞過程“一波三折”,東航原先的運送計劃一再受到台灣方面的阻攔，一直到3月10日下午運送的人數也“一直在動態變化”，因為有一些人不希望返台後受到14天的強制隔離，也有台胞在武漢集結過程中體味檢測有發熱症狀，還有大陸配偶未成年子女原本在台生活，但受到最近台灣的特別限制無法返台，其母親只能留下來照顧。
這位“湖北省台辦負責人”指責“台灣個別政客”此前不斷為台胞返鄉製造障礙，讓原本單純的運送一拖再拖延宕一個多月，如今還有700多名台胞滯留在湖北，希望台灣方面能夠儘早明確這些台胞能夠返鄉的具體時間，讓兩岸航空公司能夠在最短時間內再次安排共同運送。
在接回在武漢的台灣人後，蔡英文總統隨後也在臉書上發文說，運送過程看來一波三折是因為“兩岸雙方對於防護標準的認知落差和不同作為”，但儘管如此，”最後搭乘東航的旅客，也都還是能配合情指揮中心的規定，穿戴我方提供的防護裝備，讓這項任務終於能夠順利完成。”
台灣中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中星期三在每日例行記者會上說，兩岸針對包機事宜“中間當然溝通很多，最後雙方其實在認知上或在做法上仍然是有一些落差在”，不過他說，由於“雙方仍然是有心，所以最後在很多困難里大家還是促成這件事情。”
