台北譴責北京藉由武漢肺炎疫情進行政治操作，宣揚其“一中原則”，並且在疫情擴大時沒有”據實“與台灣分享信息的”惡劣行徑“。不過有專家說，這其實並不是一件“壞事”，因為它讓人們看清楚北京“是一個什麼樣的政府”。
自這個新型冠狀病毒肺炎的疫情爆發後，台灣已經確診一名武漢肺炎病例，不過在世衛組織星期三(1月22日)舉行的緊急會議中，台灣沒有獲邀與其他有確診病例的成員一起參加會議。
中國外交部發言人耿爽在星期三的例行記者會上，針對台灣被排除在世衛組織外是否影響其應對武漢肺炎疫情的問題表示，“沒有人比中國中央政府更關心台灣同胞的健康福祉。”他還對台灣參與國際組織的問題表示，這“必須在一個中國原則下，通過兩岸協商作出合情合理安排”。
耿爽的說法引來台灣政府的不滿、遺憾與譴責。
台灣外交部發言人歐江安星期四說，中國外交部在武漢肺炎疫情“急劇升高且持續向外擴散”之際，不僅沒有和台灣“據實分享疫情情資”，還“以中央政府自居，進行政治操作”，貶損台灣的國家主權及地位，“中華民國台灣外交部對中國類此惡劣行徑深表遺憾，並予以譴責。”
歐江安還說，中國政府無權就台灣參與世衛組織提出任何“矮化”台灣地位的安排，“只有台灣的民選政府能代表台灣2300萬人民以及守護台灣人民的健康人權。”她呼籲世衛組織秉持醫衛專業考量、屏除政治偏見邀請台灣參與WHO體系防疫相關會議、機制與活動。
美國布魯金斯學會東亞研究中心資深研究員卜睿哲(Richard Bush)在接受美國之音採訪時說，新型冠狀病毒的處理讓中國處境尷尬，不過北京的政治操作對台灣或許“不是一件壞事。”
卜睿哲說：“它們自然讓北京處於困難地位，因為他們必須選擇'一中原則'以及他們要如何定義它，這代表說，他們的觀點是排除台灣，但與此同時他們看起來卻非常殘酷而且不人道。不過那倒不是一件壞事。它實際上讓人們看清楚，它是一個什麼樣的政府，而且台灣可以尋求其他方式得到他們關於這個病毒所需的實質協助。”
對於中國為何在兩岸交流中斷的情況下卻同意讓台灣派專家到武漢實地訪查，曾任美國在台協會主席的卜睿哲認為，這是北京要以其條件來表達關心的做法。
他說：“他們表現出一些關懷，他們在說'我們要以我們的條件來這麼做。我們是中國政府，你們是中國的一部分。我們給你們許可到武漢來。'不過他們也可以做的另一件事，如果他們真的想要幫助卻又能不違背他們神聖的原則，就是允許台海兩岸的醫生協會彼此溝通，那會是民間溝通，但它可以解決問題。如果他們僅僅只想這麼做，那也很好。重要的是務實協助。而那看來會符合他們的政治原則。”
根據台灣衛生福利部網站發布的信息，去年12月31日因武漢出現肺炎病例，衛服部即向中國疾病控制中心和世界衛生組織確認疫情信息，武漢市健康委員會曾提供當天已發布的、有27例肺炎的信息，隨後台灣即啟動邊境檢疫應變措施。
1月6日，台灣衛生福利部疾病管制署向中國國家衛生健康委員會發出信函，請求依據《兩岸醫藥衛生合作協議》，同意讓台灣派專家到武漢實地訪查以了解新型冠狀病毒疫情。
1月11日傍晚在獲得中方同意後，疾管署派出兩名專家在第二天晚間抵達武漢，並在中國安排下與香港、澳門專家到醫院了解病人臨床表現。
台灣的專家在返台後舉行記者會指出，在與武漢市衛生健康委員會開會時，中方已明確定調病毒有“人傳人”的能力。
不過中國外交部發言人耿爽在星期三記者會上的說法是，在武漢發生肺炎疫情后，國家衛生健康委員會“及時主動向台灣地區通報疫情信息”，1月13到14日也應“台灣地區相關部門”請求，讓“台灣地區專家”到武漢進行實地考察。
他還提到中國與世衛組織關於台灣的安排，表示“台灣地區”可參加世衛組織相關技術會議、及時獲取世衛組織發布的全球公共衛生事件信息，“台灣地區”發生的突發公衛事件也可以及時向世衛組織通報。他說，這些安排“都確保了無論是島內還是國際上發生突發公共衛生事件，台灣地區均可及時有效應對。”
