台灣中央政府星期一（2021年5月24日）宣布，金門縣政府一天前頒布的一項新冠防疫措施違法。一名反對黨立法委員說，金門的醫療資源有限，需要有特殊的防疫措施。
金門縣政府星期天頒布的公告說，從星期一開始，乘飛機抵達金門的旅客必須提供三日內新冠肺炎檢測陰性報告，否則需在機場內接受檢查，檢查結果呈陽性者立即由救護車送往金門醫院就醫。縣政府表示，頒布此規定的依據是傳染病防治法第37條第1項第6款。
不過，在金門縣政府發表這份公告的幾個小時後，台灣中央流行疫情指揮中心發出新聞稿，稱金門縣政府未遵照法律程序正式申報有關防疫措施，因此依法撤銷這項措施。指揮中心的聲明說，對跨縣市人員移動採取管制行動，或強制性對民眾作出檢疫規定，屬於全台灣一致性的重要政策，應該以中心指揮官的指示辦理。
中央流行疫情指揮中心補充說，為避免各自為政、造成混亂和影響整體防疫工作，為了維護法制，中心不得不撤銷金門縣政府的違法公告。
不過，截止當地時間星期一下午，這份公告依然刊登在金門縣政府機關報《金門日報》上。
金門與中國大陸只有幾公里之遙，長期以來一直由目前為台灣第一大反對黨的國民黨掌握政權。來自金門的國民黨籍立法委員陳玉珍說，中央政府沒有理由不支持金門縣政府公佈的防疫新措施。
台灣目前累計有4300多個新冠肺炎案例，其中大部分是在5月15日以來發生的。目前全台灣只有台東縣和金門等三個離島縣沒有出現本地傳播的新冠肺炎病例。
