2013年元旦放假三天後，炎黃春秋的網站被當局以所謂的“未備案”而關閉。網名“上官亂”@shangguanluan4日上午10時左右首先在推特上披露了炎黃春秋網站被注銷的消息：“您備案信息中的網站炎黃春秋網已被注銷，該網站的備案號京ICP備08100492號-1已被收回。特此通知！”
美國之音登陸炎黃春秋網站後看到的是：“尊敬的用戶：您好！感謝您選擇我們的服務。您訪問的網站由於未備案而被關閉。 請您儘快進行工信、公安備案，有關備案
問題請聯繫服務商！”
炎黃春秋執行總編吳思對美國之音說：“我們的網絡總監是在2012年12月31號凌晨接到了工信部的一個短信，短信上說‘我們炎黃春秋網的備案號已被注銷。’當天白天，我們的網站又接到了一封來信網上的來信，也是用同樣的話通知我們已被注銷。然後我們的網絡總監就上網，到登記的地方看了，的確把我們給注銷了，但是網一直在運作。今天我們看到這個網已經拒絕訪問了。今天上網剛剛發現的。”
吳思說，工信部的短信沒有解釋為甚麼要注銷炎黃春秋的網站，而且也沒有回答炎黃春秋要求他們解釋注銷的原因。
《炎黃春秋》創刊於1991年，社長為前新聞署長杜導正，顧問有杜潤生、于光遠和李銳。文章作者以中共黨內元老、作家和學者為主，多刊登主張黨內各項改革，以及有關中共黨史敏感事件及評論文章，因觀點與官方歷史結論有出入，備受關注，同時也引起中南海內有些人的不悅。
2009年5月和2010年10月曾短暫時間無法登陸炎黃春秋的網站，但是在被當局認為不合適的文章刪掉之後，網站都得以恢复正常。
前中國青年報《冰點》週刊副主編盧躍剛說，炎黃春秋是合法的刊物和網站，當局沒有理由不允許其正常運作。
他說﹕“如果是不允許炎黃春秋的網站運作，顯然是不合適的。炎黃春秋作為一個正式出版的刊物，每個月定期發行，是得到國家法律保證的，這是第一。第二，整個炎黃春秋的言論和文章，都是在法律的框架下來搞的，是沒有理由不允許它傳播的。”
另一方面，《南方週末》2013年新年特刊獻詞據稱在廣東省委宣傳部長庹震直接干涉下被修改後，新聞自由和編輯自主權受到打壓的南方週末編採人員發表聲明要求徹底調查。聲明說，這次事件是“嚴重違反新聞出版流程並造成嚴重事實錯誤的重大出版事故”。
南方週末30多名記者發表公開信，指出庹震部長的所作所為，是“越界之舉，擅權之舉，愚昧之舉，多此一舉”，“與執政黨的利益完全背道而馳”。公開信還呼籲庹震引咎辭職，公開道歉，同時恢復10多名記者被停止使用的微博賬號。
據稱這次在一線編輯記者元旦在家休息，毫不知情的情況下，廣東省委宣傳部有關人士指示改變新年獻詞標題，刪改內容的做法，在新聞、律師界引起反彈。前南方週末記者李海鵬呼籲連署，要求庹震辭職。法學學者賀衛方說：“庹部長，請用文明說服我！千萬不要做歷史的罪人。”
盧躍剛說，新年伊始媒體界發生《炎黃春秋》網站被關閉和《南方週末》編輯自主權被剝奪的情況，令人吃驚。不過，他並不認為這是當局從整體上加緊控制媒體。
他說﹕“我認為這是跟具體管理的人有關的，不是系統的反應。他們管理的方式、方法，顯然與習李釋放出來的改革開放的氣氛是不符合的，是逆向的，或者說是反動的。我不認為是習李上台後的系統反應。而且，我認為恰恰相反。”
盧躍剛指出，習近平和李克強上台後，釋放出很多善意，是個良好的開端。但是他們將引導中國走上未來怎樣的發展道路，還要“聽其言、觀其行”。
廣東省宣傳部以不接受境外媒體採訪為由，沒有對美國之音就南方週末編採人員的聲明和調查要求發表任何評論。
