日本首相安倍晉三星期一祝賀台灣民進黨主席蔡英文當選總統，並希望加強日台合作。有些分析人士認為，安倍將通過支持蔡英文，謀求遏制中國在亞洲勢力的日益擴大。
日本首相安倍晉三18號在參院預算委員會上祝賀台灣民進黨主席蔡英文當選總統，他說：“由衷表示祝賀，期待今後日本與台灣的合作關係得到進一步的發展。”
日本共同社報導說，安倍表示：“台灣是日本的老朋友，在言論自由的基礎上通過選舉選出了新領導人。”
日本官房長官菅義偉在當天的記者會上也祝賀蔡英文當選，他還表示，歡迎台灣有意願加入跨太平洋夥伴關係協議（TPP），他說：“台灣如果加入，將有助於地區穩定與繁榮。今後願開展有意義的討論。”
菅義偉還說，“台灣和日本共享基本價值觀，是有著密切經濟關係及人員往來的重要夥伴和珍貴友人”，期待加強雙方關係。
根據1972年的中日聯合聲明，日本政府遵守“一個中國”的原則，因此不能把台灣作為主權國家開展政府間交流。因此安倍計劃和民進黨展開政黨之間交流，在這個基礎上謀求加強雙邊關係。
據報導，蔡英文和安倍晉三的私人關係密切。去年10月，安倍曾經和來日本訪問的蔡英文舉行過秘密會談，而且蔡英文在日本期間一直由安倍的弟弟，眾院議員岸信夫負責陪同。雖然日本政府否認安倍和蔡英文曾經秘密會談，可是有分析認為，安倍一直看好民進黨會東山再起，因此尋求和蔡英文的接觸。
日本共同社透露，日本首相官邸的消息人士分析，馬英九總統傾向大陸，和日本的關係不佳。而蔡英文就任新總統後，日台關係將大步前進。
分析還說，安倍認為日本和台灣在安全領域有著共同的戰略性利益。日本擔心，台灣靠近沖繩縣，如果被置於中國的軍事壓力之下，將對日本的和平穩定產生重大影響。
不過日本和台灣靠攏，可能會使得日本和中國的關係疏遠，這將是安倍面臨的考驗。
1月17號，中國外交部長助理孔鉉佑在北京會見日本駐華大使木寺昌人，就台灣選舉結果闡明了北京的立場。有分析指出，根據今後的事態發展，中國的對日本的態度可能會強硬起來。至於會談內容，日本官員表示，“這是外交上的交涉，因此詳細情況無可奉告”。
