菲律賓就中國大批漁船滯留其專屬經濟區的立場出現緩和。菲總統發言人星期二（4月6日）表示，杜特爾特總統致力於和平解決與中國在南中國海的外交爭端。在此之前，杜特爾特政府的部長和軍方將領連日來對大批中國船隻出現在菲專屬經濟區進行了強烈譴責。
菲律賓政府監督有爭議地區的機構3月7日發現，在牛軛礁（Whitsun Reef）周邊海域停泊了大約220艘中國船隻。菲律賓政府認為這些漁船上的人員是民兵。菲律賓稱此岩礁為朱利安·費利佩（Julian Felipe）。這家機構在一份聲明中說，牛軛礁位於菲律賓專屬經濟區內，菲律賓“享有開發或保護任何資源的專屬權利。”
杜特爾特的發言人羅克(Harry Roque)宣讀了杜特爾特的一份聲明，聲明說：“我們將繼續通過外交渠道與和平手段解決有關朱利安·費利佩的問題。”
也是在星期二，中國外交部發言人趙立堅稱，中國漁船在中國有主權的海域捕魚避風“合理合法”。趙立堅要菲律賓“立即停止無端炒作”，避免造成“負面影響”。
中國一直堅稱，被菲律賓稱為朱利安·費利佩礁的牛軛礁是中國船隻尋求躲避惡劣天氣的傳統漁場。中國還否認那些漁船是民兵船。
一天前（4月5日），菲律賓總統杜特爾特的法律顧問譴責中國數百艘船隻入侵菲律賓海域，並警告說，這個事件可能會傷害兩國關係，導致“不必要的敵意”。這被認為是杜特爾特政府在南中國海問題上向北京發出的措辭最為嚴厲的指責。現在還不清楚，杜特爾特星期二的表態與中國外交部的回應在時間上的前後順序。
也是在星期一，菲律賓外交部表示，如果中國拒絕撤回“公然侵犯”菲律賓主權的船隻，它將每天抗議。
菲律賓國防部長洛倫扎納4月3日和4日連續兩天發聲明，要中國民兵船立即全部離開菲律賓海域。他在4月3日的聲明中說，儘管天氣狀況有所改善，但牛軛礁周邊仍有44艘中國船隻。 “他們沒有理由留在那裡”。
美國支持長期盟友菲律賓的立場，並指責中國利用“海上民兵組織來恐嚇、挑釁和威脅其他國家，破壞了該地區的和平與安全。”
牛軛礁位於南中國海最具爭議的南沙群島（斯普拉特利群島）。除中國之外，越南、馬來西亞、台灣和文萊等也聲稱對這一近海地區擁有全部或部分主權。
2016年7月，海牙國際仲裁法庭對菲律賓與中國的南中國海仲裁案作出裁決，指出中國聲稱擁有南中國海主權的歷史證據以及所劃定的“九段線”地圖沒有法律依據。北京方面不承認這一裁決，並在有爭議的水域建造了人工島，配備了雷達、導彈發射台和戰鬥機機庫。
杜特爾特自2016年上任以來一直與北京發展友好關係，並因沒有立即要求中國遵守國際仲裁法庭的裁決而受到批評。
他一再表示，菲律賓無力阻止中國占領南中國海的島礁，挑戰中國的行為可能會冒著戰爭的風險，而菲律賓可能會輸掉這場戰爭。
