環保人士稱，三峽大壩對於魚類的影響也不可低估。在此之前，中國建設了萬里長江第一壩---葛洲壩，阻斷了中華鱘等魚類洄游產卵的通道。三峽大壩的建設更是雪上加霜。
公共環境研究中心主任馬軍說：“三峽建壩之後，淹沒了長達600公里範圍內一系列重要的魚類的產卵場，由此造成這些魚苗的發生率大大的下降。三峽之上還在規劃興建10幾座大型水壩在主流上，支流上有數以百計的水庫。”
*生物多樣性面臨挑戰*
往來於長江之上的船隻。
中國媒體報道，由於“變江為湖”，許多適合急流生長的魚逐漸向上游遷移，進而改變了魚類種群的結構，使水生生物多樣性面臨挑戰。
馬軍認為，數十個珍稀、特有的本地魚種，可能會受到威脅。他說：“棲息地在大量喪失，物種數量在減少。這是一種很大的損失。”
他說，船隻頻繁往來對魚類也有威脅，特別是對那些在淺水活動的魚。
在三峽庫區，記者看到，無論長江主流還是支流，一座座新建城市拔地而起。雲陽、高陽、巴東、秭歸、屈原、郭家壩......，記者經過的這些城鎮，都是舊址被長江吞沒後易地再建的。
*人口增加威脅生態*
往來於長江之上的船隻。
新城少了老城的古樸，但是漂亮、整齊、現代，一些建築物還採用了具有地方特色的傳統風格。不過，人口的不斷增加，為三峽庫區生態保護出了道難題。
以長江支流澎溪河為例，根據規劃，該流域的雲陽、開縣兩座新城2020年將發展成為50萬人口的城市。然而，《東方早報》說，雲陽新縣城最初核定的遷建人口規模，只有65000餘人。
三峽建壩前，沿江很多城鎮都將污水直接排入江內。新建城市修建了污水處理廠，對減少污染物排放發揮了積極作用。但是另外一方面，馬軍說，過去國家投入很少的三峽庫區，現在進入了正常發展階段，上游建設了許多大型化工企業。
他說：“由於人口，包括工業這些，還在進一步的膨脹，在很大程度上抵消了減少污染的努力。所以整體上看，三峽從現在所看到的趨勢來講，還是存在著水污染形勢惡化的這種可能性。”
況且，他說，污水處理廠的管網和配套設施還不完備，產生的污泥處理不好還會流入江內，造成二次污染。
*農村治理更顯困難*
長江岸邊的滑坡。
垃圾處理也成問題。記者在風景如畫的高陽湖邊，就看到有大量垃圾被傾倒在山坡上，十分礙眼，一旦下雨就會被沖入湖內。
不過，秭歸縣環保局副局長郝光華認為，在控制污染源方面，問題最大的不是城市，而是農村。他說：“農業上的化肥、農藥，還有養殖方面的污染，而且這方面治理難度大一點，農民每家每戶出來的東西，也不好組織實施。”
在澎溪河流域，一項調查表明，那里每年使用化肥30萬噸，農藥4000多噸，因水土流失帶入河流中的氮、磷、鉀等物質約為22.5萬噸。
*後續工作規劃*
中國在三峽後續工作中，將實施農村生態環境治理。比如，鼓勵配方施肥，缺甚麼補甚麼，改變目前盲目的施肥方法，減少化肥用量。
再有就是，進行生態移民，用優惠政策吸引貧困山地的農民遷移出去，從而減少庫區人口和農業種植面積。
這又將是一個龐大的工程。生態移民在有些地方已經啟動，有報道稱，重慶市計劃先期完成庫區10萬人左右的生態移民。
中國制定了《三峽後續工作規劃》，其目標是：到2020年，庫區生態明顯改善，主流水質穩定保持II類標準，支流水域得到全面控制，城鎮和鄉鎮污水處理率分別達到90%和80%以上； 庫區森林覆蓋率達到50%以上。