台灣國防部星期二對此篇報導做出澄清。台灣國防部發言人羅紹和在接受美國之音採訪時對整起事件的經過做了說明。
“這位退役的海軍張姓中校，他是在民國100年，還在海軍服役的時候，被他昔日退伍同仁轉介認識中共的官方人員，之後他就利誘軍中所認識的同事，謀取不法利益。相關情資，我們在今年三月份很快就掌握到了，安全部門在掌握到這個情資後，我們配合相關檢調單位，立刻偵辦，在九月就把這三位退役中校羈押禁見，這就是整個案情的發展。”
羅紹和說，由於軍方及時偵辦，據了解並沒有機密資訊外泄，也沒有現役軍人涉案。媒體報導的總共八名退役軍官涉案的數字是錯誤的，但是涉及此案的軍官有三名在近年來仍然是屬於人數比較多的一次。至於其他相關問題，羅紹和說，對於偵辦中的案情不便多做說明。
全球防衛雜誌主任施孝瑋在接受美國之音採訪時解釋，大氣海洋局是一個很機敏的單位，它掌握台灣附近海域的水文資料，包括海流方向、速度、強度等，海水不同深度的鹽份和溫度，以及台灣週圍附近精確的海底地形圖。這些資料讓海軍軍艦、潛艦航行時更準確了解海底狀況。潛艦如果需要備戰，所依靠的戰場資料可以說是全部來自大氣海洋局。
施孝瑋說：“台灣週邊海域在台灣控制下，大陸海測船過來我們就把它趕走，所以大陸會非常想知道台灣週邊水下的作戰環境。最糟糕的情況就是這些最機敏的資料被中國大陸取得，對海軍來說，特別是潛艦，真的是一場大災難。”
台灣媒體批評說，台灣軍方人員通常在退役後一到三年內不能前往中國大陸，但是張祉鑫五月退役，八月就去了中國大陸旅遊，還把旅遊照片貼到自己臉書上，這種限制形同虛設。國防部發言人羅紹和說，張祉鑫之所以能去中國大陸，是因為他不是被管制的人員。
“依據我們的作業規定，如果今天你負責經辦的業務工作有涉及到軍事機密，國家機密的話，他有一個一到三年的管制時間，那你就會被境管，不能出境，不可能到大陸去。他是負責一般業務，並沒有接觸到他們單位比較核心機密的業務，所以當初他不是被境管的對象。”
對於這宗間諜案的發生，台灣兩黨立法委員都表示擔憂。民進黨立法委員蔡煌琅說：“中國全面性的在台灣國防三軍里佈建，已經到了動搖國本的時候。”
國民黨立法委員林郁方說，這是軍人的恥辱。“刑度要加重，這個東西有的時候就要用重刑，來遏阻這些心懷不詭的人士。”
林郁方在接受台灣媒體採訪時並表示，“除非你(中國)有一個計劃要對台灣用武，否則不會這樣全面搜集台灣的軍事情報，這很傷台灣人民的心。”
台灣國安會秘書長袁健生星期一表示，馬英九總統執政以來，兩岸關係快速良性發展，但國防安全威脅並未稍緩，甚至在保防工作上面對更為嚴峻的挑戰。