美國官員近日多次警告孔子學院對美國構成的威脅。國務卿蓬佩奧近日在接受《早安奧蘭多》節目訪問時表示，他希望美國學校在年底前關閉孔子學院，對於那些持美國簽證、代表中國參與孔子學院運作的人士，美國也希望他們無法再進入美國課堂。此外，國務卿蓬佩奧和教育部長德沃斯上週還對美國大中小學的孔子學院和孔子課堂帶來的惡意影響提出了警告。
美國國務院和教育部在寫給高等教育機構的一封信中提到，中共威權政府對美國校園的惡劣影響是一個“真實的、日益增長的威脅”，孔子學院被標榜為中國語言和文化學習中心，但越來越多的證據表明，孔子學院也是中國惡意影響以及中共在美國校園進行宣傳的工具。
信中還說：“孔子學院的存在，以及隨之而來的北京資助，可以為學院提供財政和其他激勵，以避免批評中國的政策，並可能對機構的教員施加壓力，要求其進行自我審查。”
美國大學教授協會（American Association of University Professors）在2014年的一份報告中指出，“孔子學院作為中國國家的一個分支，被允許忽視學術自由。”
官員們還在信中建議學校檢查這與孔院相關的活動，並採取適當行動保護教育環境。
美國全國學者協會主席伍德（Peter Wyatt Wood）說：“這封聯名信是朝正確方向邁出的重要一步。我希望並相信接下來會有更多的步驟。”
他表示，孔子學院不僅是中共的“軟實力”工具， 還是情報收集和竊取知識產權的中心，一些監視在美留學生的人們的基地，以及使美國學者背叛從而成為中國利益代理人的招募中心。
他還對美國之音說，這封聯名信的目的是像那些仍在繼續與孔院合作的高校發出警告。 “聯名信沒有規定這些高校停止與孔子學院的合作，也沒有處理一些高校為了逃避審查而重新命名孔子學院的逃避策略。顯然，這些學院和大學的領導人已經知道正在發生的事情，並有意識地選擇與中國勾結(collude)，儘管這會給學生和我們的國家帶來傷害。”
美國埃默里大學在電子郵件中回复說，在2021年11月諒解備忘錄（Memorandum of Understanding）到期後將不再與亞特蘭大孔子學院續約。
亞特蘭大孔子學院的承辦機構是埃默里大學，其合作機構是中國的南京大學。學校在聲明中說：“在過去的13年裡，這種合作關係加強了埃默里大學教授學生，以及支持中國語言、文化和社會研究的能力，並使埃大學得以在這一關鍵領域擴展其項目規劃。”
聲明還表示：“埃默里大學將繼續致力於思想和研究的自由交流，這一決定並不會降低與中國合作的興趣。美國大學在促進與中國的相互了解和交流方面的作用比以往任何時候都更加重要，大學將繼續致力於這些努力。”
蓬佩奧和德沃斯還在另一封寄給各州教育局長的信中，對中共在美國設立的“孔子課堂”提出了警告，並稱其會危害美國的價值觀。
信中說：“在過去十年中，中共威權政府通過'孔子課堂'向美國數百所K-12學校提供課程、輸送中共培訓的教師。'孔子課堂'被稱為語言和文化項目,實則中共全球影響力運動的重要元素，而現在每天都有成千上萬的美國學生參與其中。”
信中還提到，雖然孔子課堂的教師似乎沒有從事意識形態宣傳，但他們可以避免討論中共對待異見人士、宗教人士和少數民族的方式。 “特別是在高中階段，在本應專注於中國語言和文化研究的環境下，這造成了令人不安的信息短缺。在任何一個年級，在美國的教室裡有一個威權政權支持的教師對我們的民主價值觀構成了風險。”
國務卿及教育部長還鼓勵各學校及員工仔細檢查教育計劃中的任何“孔子課堂”活動。 “這樣做時，請確保我們的學術自由得到貫徹和尊重，確認孔子課堂教師的工作準則是否符合美國法律和價值觀，確保孔子課堂的教學沒有外來的影響和乾涉。”
官員們還說，許多學校已經在沒有中國政府的情況下建立了“優秀的中國語言和文化項目”。
位於俄亥俄州的謝克海茨高中和位於康涅狄克州的昊濟斯學校均設有孔子課堂，兩所學校對美國之音表示，對於美國官員的聯名信不予置評。
美國國務院8月13日宣布認定孔子學院美國中心為隸屬中國政府的外國使團，要求孔子學院人員跟駐美國的外國使領館人員一樣接受美國國務院的相關行政管理，包括向國務院登記相關資料。
美國國務院負責東亞事務的助理國務卿史達偉（David R. Stilwell）曾說，美國政府將孔子學院定性為外國使團，是希望美國各大學意識到孔子學院除了教中文之外還有其它行動，但各院校需自行決定是否關閉校園裡的孔子學院。
美國國務卿蓬佩奧上個月也曾表示，他希望在美國各地的幾十間孔子學院能在年底前全部關閉。他在福克斯商業頻道“盧·道布斯今夜”(Lou Dobbs)節目中被主持人問，到今年年底美國還會有多少間孔子學院？他回答說：“我希望答案是零。”
雖然一些人擔心孔子學院和孔子課堂會威脅美國的價值觀及學術自由，但也有一些人認為，孔子學院為一些資金不足以開辦同類課程的學校提供了中國語言教育的渠道。
中國外交部發言人趙立堅星期五（10月16日）指責蓬佩奧等美國政客出於意識形態偏見和政治私利，抹黑孔子學院，干擾了孔院在美國正常運作，蓄意破壞兩國人文和教育交流合作，嚴重違背兩國民意，必將遭到美國有識之士的堅決抵制。
他還說：“孔子學院是幫助各國人民學習中文、了解中國、加強中國與各國人文交流的橋樑和紐帶。長期以來，美國孔子學院都是大學自願申請，中美大學本著'相互尊重、友好協商、平等互利'的原則合作成立的，其運作管理公開透明，嚴格遵守當地法律，恪守大學各項規範，為促進中美人文交流做出了積極貢獻，受到所在大學和美國人民的廣泛歡迎。 ”
美國官員還在信中提及了國家安全法對美國校園的影響。蓬佩奧和德沃斯寫到：“很明顯，自由世界的學生在學習和討論當代中國時，不可能不擔心違反新的香港國安法，一些美國教授提出隱藏自己的學生身份，或允許他們'退出'與中國有關的課程和課堂討論。”
《華爾街日報》曾報導說，中國在香港實施的新國家安全法的影響已經蔓延到了美國大學校園。
報導說，在普林斯頓大學修讀中國政治課的學生將在他們的作業上使用代號而不用姓名，以保護他們的身份。在安默斯特學院（Amherst College），一位教授考慮匿名在線聊天，這樣學生就可以自由發言。在哈佛商學院，學生們如果擔心風險，將可獲准不參加政治敏感話題的討論。