日本媒體分析，日本政府不惜做出讓步與台灣簽署漁業協定目的是要制約中國。
日本的讀賣新聞分析，日本政府試圖利用協定牽制中國阻斷中台在島嶼爭端的合作。日本的朝日新聞認為，日本在漁業權上做出讓步來離間中台的做法勢必引起中國的反彈。中國外交部發言人洪磊星期三就此表明“重大關注”，短促日本恪守台灣問題約定。
*沖繩漁民不滿*
日本沖繩漁民不滿政府做出讓步。沖繩縣漁業協同組合聯合會漁政科科長前泊表示，如果協定如同報導內容，沖繩漁民將無法接受。他說：如果把日中關係置於協定考量中，不顧沖繩漁民的利益，這樣的協定是無法接受的。他說這一海域即將進入金槍魚捕魚旺季，擔心沖繩漁民利益受損。
日台漁業協商始於1996年，雙方先後展開16次會談，始終因島嶼主權問題遲遲不見進展。去年11月日台時隔4年重新交涉，並在星期三（4月10日）的第17次談判中正式簽署協定。協定將在大約一個月後正式生效。