新的跡象顯示，馬雲事件可能比外界看到的企業整頓問題更為嚴重，或許有中共高層政治背景。倫敦金融時報透露，中共在去年年底向媒體下達有關馬雲的報導指南，下令媒體必須遵守官方口徑，未經允許不得評論，不得引述外媒報導。
金融時報週五（1月8日）的報導稱，北京如此重手處理馬雲事件，不同尋常，儼然就是一個政治敏感事件。
馬雲自從在去年10月上海外灘金融峰會上發言批評中國監管部門之後就失去踪影。他創立的螞蟻金服的上市計劃在最後一刻被監管部門叫停。螞蟻集團核心人物被監管部門集體約談，一場針對馬雲企業的反壟斷調查和整頓迅速展開。
馬雲在那次上海會議上抱怨中國銀行監管部門缺乏時代眼光，擔心它們用“管理火車站的辦法去管理飛機場”。馬雲還反駁了王岐山等高級官員對中國存在系統性風險的評估。他認為中國的金融和銀行系統尚在發展之中，還沒有形成一個系統，哪來的系統性風險？
馬雲的話據信激怒了中共上層，特別是中共總書記習近平。有不少消息說，是習近平親自主導了對馬雲企業的整頓和對馬雲本人的處理。
金融時報說，去年12月底，中國政府的宣傳部門向媒體發出指示，要求所有媒體在馬雲事件的報導上要嚴格遵守官方口徑，把馬雲問題定位於對阿里巴巴進行反壟斷調查的調子上，而不要在未經許可的情況進行變更或過度分析。
報導說，據看到這份媒體指導的人士說，“如果任何公司發表與官方口徑相左的言論，都不得刊登、不得轉推，也不能引用外國媒體”。
中共機關報人民日報批評中國科技行業追求“更高程度的市場集中”，指出加強市場監管對經濟的健康發展非常重要。
美國加州大學伯克利分校信息學院的研究員蕭強認為，中共發出的這份報導指南“措辭嚴厲，非同尋常”。
蕭強說：“（指南的）措辭與審判薄熙來一類的‘非常重要的政治事件’的報導指南非常類似。”薄熙來是前中共中央政治局委員和前重慶市委書記。他因“貪腐罪”被判處無期徒刑。
蕭強說：“馬雲公司的投資直接跟中國最有權勢的政治家族有關。這次馬雲出事可能具有很強的政治背景，而不只是因為他的那個講話可能觸動了習近平或其他黨內高管的神經。”