台灣前總統馬英九呼籲台灣各大學校長站出來抗議，表達對陸生被禁入台就讀的不滿。馬英九星期三（8月12日）在他的臉書賬戶發文說：“最近政府全面開放境外學生返台就學，卻獨漏陸生，讓他們成為'反中仇陸'政策的犧牲品。”
馬英九的臉書帖文還說：“蔡政府歧視性的做法，令人深感失望與憂心，謹此呼籲全國大學校院的校院長，一起站出來，抗議這項不法、不當、不智之舉。”
馬英九的這條臉書帖文的內容被中國大陸新浪、搜狐等幾家門戶網站轉發。
台灣教育部8月5日初步決定允許包括中國在內19個國家的留學生進入台灣。之後，於當天稍晚又改變決定，將中國從名單中拿掉。
台灣教育部次長劉孟奇當時表示，暫緩大陸留學生赴台出於“台灣海峽兩岸的情況”考量。台灣大陸委員會隨後以書面形式指出，原因是陸方設立政治障礙，如陸生（大陸學生）申請來台證件“大通證”（全稱：大陸居民往來台灣通行證）的簽注受刁難，以及要求台灣方面學校證件不得出現“國立”等文字。
台灣私立和公立大學團體8月11日先後發表聲明，呼籲政府一視同仁，在確保防疫的前提下，盡快開放陸生安全有序返台就學。
台灣媒體報導，台灣教育部長潘文忠8月12日接受多家媒體聯訪時沒有給出陸生何時返台的時間表。不過他表示，正在持續和大陸委員會交換意見，希望能善用暑假期間，讓包括陸生在內的所有境外生，都能回到台灣。他同時強調，防疫優先、國人健康、國家安全的原則不會改變。
台灣2011年正式開放大陸學生赴台攻讀學位，而且，每年赴台攻讀學位的陸生人數持續上升，至2015學年已達最高的3,019 人。不過，自蔡英文政府上任以來，數字開始下降，2016學年入讀台校的陸生為2,835 人。中國大陸當局不滿蔡英文政府不承認“九二共識”的兩岸政策，在教育、旅遊等方面向民進黨政府施壓，限制遊客、學生赴台。
中國認為台灣是其不可分割的一個省份，不是一個單獨的國家。台灣外交部今年2月明確表示，台灣與中國互不隸屬，中華人民共和國未曾一日統治過台灣，台灣也絕不是中華人民共和國的一部分。