受歐洲漢學學會委託承辦這次年會的是葡萄牙米尼奧大學孔子學院。台灣稱米尼奧大學為秘紐大學。該大學孔子學院遵照總幹事許琳的指示，撕除了台灣蔣經國國際學術交流基金會贊助本次年會的相關頁面。
這一事件傳到台灣後引發相關學術部門和官方機構的強烈反彈。
台灣外交部發言人高安7月29號星期二表示，台灣駐里斯本代表處已經在第一時間向主辦方和承辦方提出抗議。
高安說：“我們最重要的原則就是維護我們國家的尊嚴和保障我們國人的權益，各項工作都是以這項原則來進行。”
針對中國大陸官員在國際學術會議上撕除台灣機構資料的做法，台灣外交部亞非司司長王建業敦促北京在這類事情上開明一些。
他說：“應該開放一點，不要拘泥於以往的一些觀念，只要是你，你一出現我就要打一下。大概也不要這樣做吧。”
主管與中國大陸關係的台灣行政院陸委會已經在7月28號星期一發表聲明，稱大陸方面做出不友善行為，傷害台灣人民的感情，台灣方面對此深感遺憾和失望。聲明還說，此類事件會嚴重傷害兩岸關係的發展。
蔣經國基金會一名發言人對美國之音說，基金會已經要求陸委會向中國大陸方面提出嚴正抗議。這名發言人還說，歐洲漢學學會會長在寄給基金會的信函中說，學會理事會已經要求承辦方米尼奧大學孔子學院對事件做出詳細說明，之後學會將以理事會的名義向中國國家漢辦提出抗議，抗議中國政府以政治手段干預學術。
與蔣經國基金會合作參與歐洲漢學學會年會的台灣國家圖書館也對事件表達抗議和不滿，並要求外交部和陸委會向年會承辦部門和中國大陸政府提出抗議。
中國教育部直屬的國家漢辦稱，該機構致力於為世界各國提供漢語文化的教學資源和服務，為攜手發展多元文化、共同建設和諧世界做貢獻。國家漢辦稱，截止2012年底已經在100多個國家和地區的大學校園合作建立了400多所孔子學院。
在發生中國漢辦主任打壓台灣機構事件之前，已經有越來越多的學術界人士說，孔子學院並非實實在在的語言和文化交流和學術機構，而是中國當局對外自我宣傳和排斥異己學者的工具。
台北 —