來自日本政府的消息說，杜特爾特這次是以國賓身份正式訪問，首相安倍晉三的內閣正在精心權衡接待杜特爾特的利弊，“最大目標是延續日菲兩國至今友好的關係，期待既牽制杜特爾特一邊倒向中國，又不損害日美信賴關係，為今後協助美菲修復關係做長遠鋪墊”。
日菲兩國外交部正籌備安倍10月26日與杜特爾特正式會談後舉行的小規模峰會，安倍提出這一建議旨在謀求構建兩位首腦個人信賴關係和促膝談心的安靜環境，希望通過向杜特爾特詳細說明日本為甚麼主張南中國海問題基於國際法解決的重要性，來善誘杜特爾特。
預計杜特爾特訪日期間，日菲將簽署援助提升菲律賓海洋警備能力的大型巡邏艦供應協議，和可能達成援助菲律賓農業、援助菲律賓取締反政府組織的小型船艦協議，以及討論兩國已達成協議的日本借予菲律賓TC-90軍機的價格、條件和協助訓練兩名菲律賓戰機飛行員等事務。杜特爾特也計劃與日本企業界領袖會面、呼籲在菲律賓投資的豐田、三菱汽車等日企擴大投資。日本天皇將於10月27日會見杜特爾特。
避重就輕拉關係
消息說，由於杜特爾特目前看來正高調反美，加上美國總統大選也存在今後美國對亞洲外交出現政策變數的潛在可能，安倍內閣不打算在這次杜特爾特訪日期間斡旋美菲修復關係。
安倍內閣還考慮到兩國領導人建立信賴關係的氣氛，因此也不打算敦促杜特爾特停止殺戳涉毒者，但基於日本輿論和國民對杜特爾特的統治手段和謾罵、髒話習性反感，安倍內閣也無意營造像去年歡迎前菲律賓總統阿基諾那樣的氣氛。
不過日本政府相信杜特爾特對日友好，外務省也準備舉行一個歡迎會和擴大今後日菲交流活動來鋪墊長遠的安定友好關係。但外相岸田文雄主辦的歡迎會也將是小規模，消息來源表示，“對國賓該有的禮節、程序會有，但不打算氣氛熱烈”。
內閣官房長官菅義偉10月21日在東京對杜特爾特訪日表明的正式立場是：“希望借杜特爾特總統訪日，明確推進兩國戰略伙伴關係進一步發展”，菲律賓政府發言人也在馬尼拉表示“高度評價菲律賓與日本具有活力的關係”。
日菲五百年恩怨
日菲交往、貿易源於十六世紀；十七世紀開始有日本人定居菲律賓；十九世紀日本援助菲律賓脫離西班牙殖民統治的獨立戰爭；二十世紀移民菲律賓經營農莊的日本人過萬，他們在菲律賓建學校和神社等，開始文化影響菲律賓。
二戰期間日本軍事擴張也鋪展到菲律賓，1945年美國佔領菲律賓及日本戰敗後，1956年日菲締結戰爭賠償協定時建交。到1976年為止，日本賠償了菲律賓約19億美元，隨後日本以經濟援助的方式成為菲律賓最大援助國，累計到2014年，無償援助約2.8億美元，低息貸款等有償援助和技術援助共約2.7萬億美元。菲律賓逐漸改善了對日感情。
二十世紀90年代起日菲發展友好關係，日本成為菲律賓最大貿易國和投資國，直至去年美國取代成為最大投資國。2012年安倍執政後，日本更積極援助菲律賓，安倍與阿基諾的信賴關係帶動兩國政治關係迅速發展，去年6月阿基諾訪日時得以在日本國會演講，兩國還發表《聯合宣言》，宣告關係升華到戰略伙伴階段。
有理沒理輸嘴髒
杜特爾特當選總統前出任市長的達沃市也有許多日本投資，一般相信這是杜特爾特對日友好的起因，杜特爾特再三稱日本是菲律賓最大貢獻者、感謝日本人等。
不過日本社會對杜特爾特印象不佳，日本人衡量政客的最基本標準是乾淨-既要求權錢關係乾淨，也重視語言、行為乾淨。
日本一向很少報導菲律賓新聞，南中國海紛爭升級後，菲律賓才進入一般人的視野。但最初廣泛報導杜特爾特就是因他謾罵美國總統奧巴馬，後來他殺戳涉毒者的新聞再促發民眾反感。
對杜特爾特訪華、取悅中國的姿態，最主張國際和諧的《朝日新聞》10月22日的社論也以“中菲首腦會談別忘法制”為題說：“中國和菲律賓作為國際社會一員都有該遵守的原則、有守法義務”，“鄰國改善關係是好事，但為了彼此狹隘利益，輕視法治就會成為亞洲地區的重大憂慮。菲律賓是起訴南中國海問題的當事國，今年夏天才獲得全面否定中國主張的判決，菲律賓應有很多想說的話，但卻封了印。這大概是中國貸款和解禁菲律賓水果進口，讓杜特爾特上演現實和解的應對。可是判決依然有效，中國主張單方面權利的南中國海，哪個國家都在這個重要航道有自由航行的事實不變”。
警惕安倍大撒幣
《朝日新聞》社論還指出中國反向美國譴責杜特爾特鎮壓涉毒者的立場，默許、支援促使杜特爾特“訣別美國”並公開謾罵，令人不得不嚴厲質問中菲兩首腦輕視人權的姿態。社論說：“日本應有的基軸是法制等自由主義價值觀，希望安倍政權別忘此原則來接待杜特爾特”。
《讀賣新聞》當天社論也持同樣觀點，稱“菲律賓總統訪華不該令國際判決成為廢紙”。《產經新聞》的社論則稱“菲律賓對華外交，令與美國同盟的日本很難再維持與菲律賓以往價值觀共有的關係”，堅定支持安倍政權的《產經新聞》也告誡安倍：“如果靜觀欠缺常識的杜特爾特外交姿態，就會威脅到日本國家利益和國際秩序”。
網絡上“菲律賓完了”、“希望菲律賓最終承擔自取滅亡的責任，不要再來哭求日美援助”的看法佔主流。
不過研究海洋安全的日本學者北村淳說：“杜特爾特訣別美國既有他不滿美國阻止他殺戳涉毒者，也有他權衡美國不可能奪回讓中國侵佔的黃岩島，所以選擇順水推舟，先哄中國解囊，再哄日本援助，最終維持美菲關係不變的策略”，北村認為菲律賓不可能改變與美國的關係。
《日本經濟新聞》也指出，“美國不僅是菲律賓第一投資國、第二貿易國，而且1千萬在海外打工的菲律賓人超過3成在美國，他們匯款回國，支撐著菲律賓經濟”。
