在有關南中國海的爭議中，印尼至今所持立場較為中立，而且印尼本身也不是爭議一方。菲律賓、越南、馬來西亞、文萊、以及台灣都聲稱對南中國海擁有主權。
中國官方傳媒最近援引中國國防部長常萬全的話說，中方希望在雙邊和多邊議題上，加深和印尼之間切實的合作、交流。
澳大利亞國防大學退休教授卡爾塞爾指出，中國和印尼兩國在兩個層面上進行著軍事合作。第一是中方向印尼出售一些軍火，包括雷達、反艦導彈、兩國艦船之間的往來、聯合演習(主要是反恐演習)﹔第二是兩國國防部長時有互訪。從2014年以來，這位專家說，中國和印尼之間交往的重點似乎就在國防工業領域的合作。
分析人士認為，中方期望與印尼加強軍事關係，不大可能在短期內為兩國帶來多大的變化，但是從長遠的角度來講，中方可能在為在南中國海議題上爭取同盟而做準備。
中國和印尼之間也有一些衝突，包括中國漁船進入印尼水域。今年三月，印尼就試圖扣留一艘來自中國的漁船。
去年，中國和印尼之間簽署了協議，中方要在印尼投資一些基礎設施項目；印尼總統也表示，希望雙邊貿易能夠在2020年以前達到一千五百億美元。
